Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G001170`

染色体: Chr07 坐标: 8803935-8806336 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G001170`
名称	SmilChr07G001170
描述	protein DUF642 L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	8803935 - 8806336 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992345`
GeneID	`130992345`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992345`
原始查询	`SmilChr07G001170`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DUF642 L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 2-like
产物	protein DUF642 L-GALACTONO-1%2C4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 2-like
Arabidopsis	`AT5G11420` (AT5G11420) transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF642) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831013] identity=62.2; qcov=0.981; evalue=8.04e-175; confidence=high
Rice	`Os01g0611000` (P0410E03.33-1) - identity=63.6; qcov=0.935; evalue=2.26e-164; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04862 (DUF642)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992345

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.80000	`XP_057772931.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057772931.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057772931.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772931.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772931.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:8804119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:8804194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr7:8804199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:8804227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B31
`Chr7:8804275`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr7:8804308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr7:8804389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:8804500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:8804508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr7:8804563`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	D10
`Chr7:8804563`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	D10
`Chr7:8805083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B131,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772931.1

367 aa

184

367

DUF642

PF04862 DUF642 24-181 aa PF04862 DUF642 193-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772931.1`	Pfam	`PF04862`	DUF642	Domain	24	181	1.2e-82	276.1	Protein of unknown function (DUF642)
`XP_057772931.1`	Pfam	`PF04862`	DUF642	Domain	193	359	1.2e-82	276.1	Protein of unknown function (DUF642)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916948.1
AAGTCCTATAAAAACCCTTCACCTCATTCTCCATTTTCCATTAACAAATCTCTTCTCCTCTACACCCTAAAAATAGTAAACACACACACACACACACACACAGTGAAGATGAAGAAAATGCAAATATTTACAGTTGTGTTCTTTGCGAGTCTTAGCACTGCATTATGCATAAATGACGGGCTCTTGCCGAACGGAAACTTCGAACGTGGGCCGAAAGCATCGCAGATGAAGGGCAGCAAGGTGACGGACCCCCTGGCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992345
ATGAAGAAAATGCAAATATTTACAGTTGTGTTCTTTGCGAGTCTTAGCACTGCATTATGCATAAATGACGGGCTCTTGCCGAACGGAAACTTCGAACGTGGGCCGAAAGCATCGCAGATGAAGGGCAGCAAGGTGACGGACCCCCTGGCGATACCCAACTGGGAAACGGCGGGGTTCGTGGAGTACATAAAGTCCGGGCAGAAGCAAGGGGACATGGCGCTGGTGGTGCCGGAGGGGGCCTCGGCCGTGCGGCTGGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772931.1
MKKMQIFTVVFFASLSTALCINDGLLPNGNFERGPKASQMKGSKVTDPLAIPNWETAGFVEYIKSGQKQGDMALVVPEGASAVRLGDEASIKTKVKLTNGMFYSISFSAARTCAQEEKLNISVSPKEWGILPVQTVYSSNGWDSYSWGFLADSDLIQLTIHNPGSDKDPACGPLIDSVALKALPSPPRHKGNMLKNGNFESGPYIFPKTNWGALIPPNIEDAHSPLPGWIIESLKAVKYVDSDHFSVPEGKRAIELVAGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器