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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001401

染色体: Chr07 坐标: 10893295-10896148 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G001401
名称SmilChr07G001401
描述uncharacterized SmilChr07G001401
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向10893295 - 10896148 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992686
GeneID130992686
locus_tag-
NCBI NameLOC130992686
原始查询SmilChr07G001401

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述keratinocyte-associated-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844071]; symbol=AT1G77350; hit=AT1G77350; species=arabidopsis; confidence=high
产物keratinocyte-associated-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844071]; symbol=AT1G77350; hit=AT1G77350; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G77350 (AT1G77350)
keratinocyte-associated-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844071]
identity=73.1; qcov=1.02; evalue=2.82e-56; confidence=high
RiceOs05g0486200
-
identity=70.9; qcov=1; evalue=1.16e-47; confidence=medium
GOGO:0042543 (GO:0042543)
KEGGsmil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00513 (Various types of N-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF09775 (Keratin_assoc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057773420.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057773420.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057773420.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773420.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773420.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:10894568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr7:10895676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773420.1
117 aa
N
1
58
117
Keratin_assoc
C
PF09775 Keratin_assoc 4-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773420.1 Pfam PF09775 Keratin_assoc Family 4 112 5.8e-37 126.9 Keratinocyte-associated protein 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917437.1
GATTGGGTATTGAGAAAAAAGAGAAAGAAAATGGAAAAGGTAAAAGAAAAAAACGAGGTTTCAAAGTAGCGACAAAGCGTTTCTAGTAAAGTCGTGTGTAAGCTCTTCTCTTCACACATGTAAATCTCGAAATTTACAGTTCAACGTCCAGTTACGCAGCTGCAGTTTGATCTAAACTTGGAAAATCCCAAATTGGAATACTCTCGAGTTCACATTGATCACATGGCTGCAGCTGGGAGTTCTATGTTGTATTCTCTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992686
ATGGCTGCAGCTGGGAGTTCTATGTTGTATTCTCTTTTTCTATTCGTTGCTACTCTTTCACTGCAAGAAATGTTTAGAGCGAAGTTAGCTTCTTCAGAGTTGTTTACTATTCTTGGAGGATTCACAAGCTCTCTCATATTCCTCACACTGCTCACGTTCATTGGAAATTATCAGGAAACAATTGGTGTCAAAACAGGATGGGGAGCTGTTATTATTGCAGAAGCCGTGGCCCTAATAGCTGCTAGCACTGTTCACCGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773420.1
MAAAGSSMLYSLFLFVATLSLQEMFRAKLASSELFTILGGFTSSLIFLTLLTFIGNYQETIGVKTGWGAVIIAEAVALIAASTVHRVCITTCFLFSAGLLYEVNKLSGMTDSKAKRV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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