同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G001741

染色体: Chr07 坐标: 14771814-14773774 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G001741
名称SmilChr07G001741
描述uncharacterized SmilChr07G001741
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向14771814 - 14773774 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995426
GeneID130995426
locus_tag-
NCBI 名称LOC130995426
原始查询SmilChr07G001741

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium/calcium/calmodulin-dependent Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819315]; symbol=AT2G47010; hit=AT2G47010; species=arabidopsis; confidence=high
产物calcium/calcium/calmodulin-dependent Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819315]; symbol=AT2G47010; hit=AT2G47010; species=arabidopsis; confidence=high
拟南芥AT2G47010 (AT2G47010)
calcium/calcium/calmodulin-dependent Serine/Threonine-kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819315]
identity=67.42; qcov=0.971; evalue=0.0; confidence=high
水稻Os05g0272800
-
identity=60.61; qcov=0.994; evalue=0.0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF24804 (DUF7705)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995426

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 内质网 1.00000 XP_057776684.1
2 胞外分泌 1.00000 XP_057776685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:14772000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:14772057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:14772089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:14772105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:14772558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B69
Chr7:14772692 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 28 A11,B120,B124,B13,B14,B18,B27,B37,B40,B42,B43,B63,B67,B76,B91,C19,C2,C31,C49,C5,C52,C6,C64,C66,C7,C76,C77,D5
Chr7:14772701 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 35 A19,A24,A4,A7,B115,B121,B128,B135,B136,B19,B20,B24,B32,B34,B46,B49,B54,B60,B62,B79,B9,C1,C22,C32,C33,C36,C46,C47,C50,C68,C74,C79,C8,C80,C85
Chr7:14772703 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 103 A1,A11,A14,A18,A2,A20,A21,A23,A3,A5,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B107,B108,B110,B112,B118,B119,B123,B125,B130,B140,B16,B17,B21,B25,B27,B28,B29,B35,B36,B41,B45,B48,B50,B51,B52,B53,B57,B58,B59,B64,B66,B68,B69,B71,B73,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B82,B85,B86,B87,B88,B89,B94,B95,B98,C12,C13,C18,C19,C20,C28,C31,C37,C38,C39,C41,C42,C44,C48,C5,C51,C52,C57,C58,C6,C61,C62,C65,C7,C71,C73,C75,C77,C78,C81,C84,C86,C87,D1,D10,D2,D5
Chr7:14772757 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 8 B11,B114,B31,B64,B88,C24,C25,C3
Chr7:14773529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:14773544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B53,B77
Chr7:14773557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776684.1
508 aa
N
1
254
508
DUF7705
C
PF24804 DUF7705 31-271 aa
XP_057776685.1
483 aa
N
1
242
483
DUF7705
C
PF24804 DUF7705 31-482 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057776684.1 Pfam PF24804 DUF7705 Domain 31 271 2.3e-114 383.4 Domain of unknown function (DUF7705)
XP_057776685.1 Pfam PF24804 DUF7705 Domain 31 482 3e-251 834.7 Domain of unknown function (DUF7705)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920701.1
TAACTTGTAGGTGGAGGGCAGGGCAGGTCAGCCTGCTGTATAAATGGTGGGGCACAGTTCACAGACACAAAGACACCAACTTTCAAGCAGATTACTTCTTTCTCACCATCTTTTATTTATATTATAATTACTTGAAATAAATTAAAGCTTGGCAATGCCGCTGCGTTCATTCCACACCACCATCGCCATCACACTATTTCTATTTCTAATTATTAGTGTAGCGTCGGTTGCCGGCGGCGGTGCTTCGGCGGTGGGAGATG...
XM_057920702.1
AGGTGGAGGGCAGGGCAGGTCAGCCTGCTGTATAAATGGTGGGGCACAGTTCACAGACACAAAGACACCAACTTTCAAGCAGATTACTTCTTTCTCACCATCTTTTATTTATATTATAATTACTTGAAATAAATTAAAGCTTGGCAATGCCGCTGCGTTCATTCCACACCACCATCGCCATCACACTATTTCTATTTCTAATTATTAGTGTAGCGTCGGTTGCCGGCGGCGGTGCTTCGGCGGTGGGAGATGGCGGAATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057776685.1_36638
ATGCCGCTGCGTTCATTCCACACCACCATCGCCATCACACTATTTCTATTTCTAATTATTAGTGTAGCGTCGGTTGCCGGCGGCGGTGCTTCGGCGGTGGGAGATGGCGGAATGCGGAGAGACGAGCTGAGGGTGGCGTTTGAGGCCTGGAACTTCTGCAATGAAGTTGGCGCCGAAGCCCCCGCCATGGGCAGCCCCAGAGCTGCCGATTGCTTCGATCTTACTCAAGACACGAGTTCCATAGTTCACAAGGTGTCCGA...
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057776684.1_36639
ATGCCGCTGCGTTCATTCCACACCACCATCGCCATCACACTATTTCTATTTCTAATTATTAGTGTAGCGTCGGTTGCCGGCGGCGGTGCTTCGGCGGTGGGAGATGGCGGAATGCGGAGAGACGAGCTGAGGGTGGCGTTTGAGGCCTGGAACTTCTGCAATGAAGTTGGCGCCGAAGCCCCCGCCATGGGCAGCCCCAGAGCTGCCGATTGCTTCGATCTTACTCAAGACACGAGTTCCATAGTTCACAAGGTGTCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776684.1
MPLRSFHTTIAITLFLFLIISVASVAGGGASAVGDGGMRRDELRVAFEAWNFCNEVGAEAPAMGSPRAADCFDLTQDTSSIVHKVSEADNRLGVGTPFPGLKPEALNNPDLYAAEKELYLGSLCQVSDSPTPWQFWMVMLKNGNYDARSGLCPENGKKAPPFKPGRFPCFGTGCMNQPSLCHQPTALHHHATFMRGGFNGTYDTTSNSTNTASSYFEVVWEKKLGSGSWVFNHKLRTSSNYPWLMLYLRADATKGYSGGY...
XP_057776685.1
MPLRSFHTTIAITLFLFLIISVASVAGGGASAVGDGGMRRDELRVAFEAWNFCNEVGAEAPAMGSPRAADCFDLTQDTSSIVHKVSEADNRLGVGTPFPGLKPEALNNPDLYAAEKELYLGSLCQVSDSPTPWQFWMVMLKNGNYDARSGLCPENGKKAPPFKPGRFPCFGTGCMNQPSLCHQPTALHHHATFMRGGFNGTYDTTSNSTNTASSYFEVVWEKKLGSGSWVFNHKLRTSSNYPWLMLYLRADATKGYSGGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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