当前解析结果
SmilChr07G001747| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001747 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001747 |
| 描述 | hydroxyacylglutathione hydrolase cytoplasmic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 14816501 - 14819502 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995433 |
|---|---|
| GeneID | 130995433 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995433 |
| 原始查询 | SmilChr07G001747 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hydroxyacylglutathione hydrolase cytoplasmic |
| 产物 | hydroxyacylglutathione hydrolase cytoplasmic |
| Arabidopsis | AT3G10850 (GLY2)Metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820255] identity=71.3; qcov=1; evalue=4.47e-150; confidence=high |
| Rice | Os03g0332400 (GLYII-2)- identity=71.2; qcov=0.996; evalue=1.3e-143; confidence=high |
| GO | GO:0004416 (hydroxyacylglutathione hydrolase activity); GO:0019243 (GO:0019243) |
| KEGG | smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00753 (Lactamase_B); PF16123 (HAGH_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995433 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057776692.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057776692.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057776692.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057776692.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776692.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:14816676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,C4 |
Chr7:14816875 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B140 |
Chr7:14816875 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr7:14817766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C83,D3 |
Chr7:14817793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C83,D3 |
Chr7:14819016 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776692.1PF00753
Lactamase_B 14-69 aa
PF16123
HAGH_C 175-256 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776692.1 |
Pfam | PF00753 |
Lactamase_B | Domain | 14 | 69 | 9.4e-13 | 49.3 | Metallo-beta-lactamase superfamily |
XP_057776692.1 |
Pfam | PF16123 |
HAGH_C | Family | 175 | 256 | 2e-29 | 102.5 | Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。