当前解析结果
SmilChr07G001765| 统一新 Gene ID | SmilChr07G001765 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G001765 |
| 描述 | guanine nucleotide-binding protein-like NSN1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 14956100 - 14960046 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995453 |
|---|---|
| GeneID | 130995453 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995453 |
| 原始查询 | SmilChr07G001765 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | guanine nucleotide-binding protein-like NSN1 |
| 产物 | guanine nucleotide-binding protein-like NSN1 |
| Arabidopsis | AT3G07050 (NSN1)GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819890] identity=73.8; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0375000 (Os_F0781)- identity=65.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005525 (GTP binding); GO:0005730 (nucleolus) |
| KEGG | smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01926 (MMR_HSR1); PF02421 (FeoB_N); PF08701 (GN3L_Grn1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995453 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776719.1 |
| 2 | Nucleolus | 核仁 | 1.00000 | XP_057776719.1 |
| 3 | Nucleolus rim | Nucleolus rim | 0.20000 | XP_057776719.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776719.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776719.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:14956372 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B34,C20 |
Chr7:14957166 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:14957529 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:14957615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:14957965 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C25 |
Chr7:14958053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B121,B128,B34,B55,C50 |
Chr7:14959702 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C42 |
Chr7:14959750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B34 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776719.1PF08701
GN3L_Grn1 15-91 aa
PF01926
MMR_HSR1 260-325 aa
PF02421
FeoB_N 260-327 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776719.1 |
Pfam | PF08701 |
GN3L_Grn1 | Family | 15 | 91 | 2.8e-17 | 63.3 | GNL3L/Grn1 putative GTPase |
XP_057776719.1 |
Pfam | PF01926 |
MMR_HSR1 | Family | 260 | 325 | 1.7e-17 | 64.3 | 50S ribosome-binding GTPase |
XP_057776719.1 |
Pfam | PF02421 |
FeoB_N | Domain | 260 | 327 | 1.9e-11 | 44.4 | Ferrous iron transport protein B |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。