同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002424

染色体: Chr07 坐标: 22571464-22572896 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G002424
名称SmilChr07G002424
描述heat stress transcription factor B-2a-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向22571464 - 22572896 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993506
GeneID130993506
locus_tag-
NCBI 名称LOC130993506
原始查询SmilChr07G002424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat stress transcription factor B-2a-like
产物heat stress transcription factor B-2a-like
拟南芥AT5G62020 (HSFB2A)
heat shock transcription factor B2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836322]
identity=49.59; qcov=0.863; evalue=6.55e-74; confidence=high
水稻Os08g0546800 (HSFB2B)
-
identity=51.46; qcov=0.674; evalue=2.43e-64; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00447 (HSF_DNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993506

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057774396.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:22571951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:22571968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr7:22572337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B35,C32,C68
Chr7:22572452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C78
Chr7:22572513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B35,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774396.1
227 aa
N
1
114
227
HSF_DNA-bind
C
PF00447 HSF_DNA-bind 26-115 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057774396.1 Pfam PF00447 HSF_DNA-bind Domain 26 115 1.1e-31 110.1 HSF-type DNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918413.1
AATTTTTGGAAAAGCTGCAGTTTACGACCAAAACTAAAAAAATAAAAAACCAGCCCACGAAATTCTCCACCGATCCGTTGTTGAATATTGAAATTTCCAGATTATTGAAATCCACGTAAATGGTGTTACTGTTACATAGTGATAGATAAGTTTAAAATACAAAAGCGCCTTTAAAAACCTGCAGTGTGCTTGTGTAGACCAGCAGCAGCAGCCCTCCAATTTCTGTTCCTGCGCAGAACCTTCTTCACTTTCACCTGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057774396.1_37581
ATGGCTTCGCCGTCAGTGGACCGGAAAGGTGGAGAATCGTGGGGCGAAGATATGCCGAGGCTGCTTCCGACGCCGTTTTTGACCAAAACTTACCAGATCGTCGACGACCGCGCCGTGGACGACATCATCTCCTGGAACGTGGACGGATCCGCTTTCATCGTGTGGAATCCGGCGGAGTTCGCCAGAGATTTGCTCCCAAAGTACTTTAAGCACAACAATTTCTCCAGCTTCGTTCGCCAGCTCAACACTTACGGATTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774396.1
MASPSVDRKGGESWGEDMPRLLPTPFLTKTYQIVDDRAVDDIISWNVDGSAFIVWNPAEFARDLLPKYFKHNNFSSFVRQLNTYGFRKVVPDRWEFSNECFRRGETHLLRDIQRRRMAAKSEDQAVGSPAELIDENERLRQQNVQLNKELRHMKNLCSNIYALMSNYAGSERARACKLYMTENVKPLELLPMTRFCQEMTRKGRETEATSAEHHMDLELRLPGDGRD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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