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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002465

染色体: Chr07 坐标: 23184753-23188121 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002465
名称SmilChr07G002465
描述probable fructokinase-7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向23184753 - 23188121 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993543
GeneID130993543
locus_tag-
NCBI NameLOC130993543
原始查询SmilChr07G002465

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable fructokinase-7
产物probable fructokinase-7
ArabidopsisAT5G51830 (AT5G51830)
pfkB-like carbohydrate kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835258]
identity=72.4; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0232200
-
identity=68.2; qcov=0.936; evalue=2.29e-155; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006000 (fructose metabolic process); GO:0008865 (fructokinase activity)
KEGGsmil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00294 (PfkB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774453.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774453.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057774453.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057774453.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774453.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:23185053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:23185102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:23185548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:23185829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B47,B9,C35
Chr7:23185863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C58,C72,D1
Chr7:23186050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B47,B9,C35
Chr7:23186948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B47,B9,C35
Chr7:23186956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B41,B84,C37,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774453.1
346 aa
N
1
173
346
PfkB
C
PF00294 PfkB 25-333 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774453.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 25 333 1.1e-75 255.5 pfkB family carbohydrate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918470.1
AACAAAAATGGAATTTGCTCTTTCATGAATCACGATGGATGCATCTACTGTCCAAAATATCTCAAGTTTAAACATCAAATTATCTACTCCAAATTATTCTTGATATTGAAAAAAAAAATGAAAGACATTCAACACACACCTTCTCTCCCAATAAATAAAACAAATTAAAAATCCGAATTGCTACCAAGAAAAAGAAAGGTGAATTGAATCTAGAGATCTGAGTTGCCCTTTTCACACGACATATAAGTTTATCTTTCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993543
ATGGCTGAAAATTCGATTTCAGGTGATATTAGTAGACTGTCCATCAACAGTGAAGGTTCAGTTCAGACGAGCCATCTTGTTGTTTGCTTCGGAGAGATGTTGATAGATTTTGTGCCTACAGTTGGTGGAGTTTCACTTGCTGAAGCTCCTGCCTTTCACAAAGCTCCAGGTGGTGCTCCTGCAAATGTGGCTGTTTGTGTAGCAAAATTAGGAGGATCTGCTGCTTTTATTGGAAAGGTAGGCAAGGATGATTTTGGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774453.1
MAENSISGDISRLSINSEGSVQTSHLVVCFGEMLIDFVPTVGGVSLAEAPAFHKAPGGAPANVAVCVAKLGGSAAFIGKVGKDDFGQMLSDMLKENKVDNSGVRFDPYARTALAFVTLRADGEREFMFYRHPSADMLFHEQELDLNLVNKASIFHYGSISLIDEPCRSTHLAAMRIAKKSGSLLSYDPNLRMALWPSEDAARKSIMAIWDQADIIKISEDEISFLTEGDNPNDDDVVLKKLFHPNLSLLLVSEGKAGCRY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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