Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002570

染色体: Chr07 坐标: 24540834-24542445 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002570
名称SmilChr07G002570
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 12-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向24540834 - 24542445 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993638
GeneID130993638
locus_tag-
NCBI NameLOC130993638
原始查询SmilChr07G002570

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 12-like
产物CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 12-like
ArabidopsisAT4G18700 (CIPK12)
CBL-interacting protein kinase 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827604]
identity=81; qcov=0.742; evalue=2.14e-88; confidence=high
RiceOs05g0332300 (OsCIPK18)
-
identity=73.5; qcov=0.728; evalue=3.36e-81; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01163 (RIO1); PF03109 (ABC1); PF06293 (Kdo); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993638

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057774584.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057774584.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057774584.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057774584.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057774584.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:24541702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr7:24541729 ATT * 2bp_deletion CDS_variant 5 A19,B19,B31,B83,C67
Chr7:24541774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr7:24541832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B44,D7
Chr7:24541858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr7:24542205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:24542250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B57,C87
Chr7:24542275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:24542299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B53,B57,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774584.1
213 aa
N
1
106
213
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
RIO1
ABC1
Kdo
C
PF00069 Pkinase 33-179 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 35-178 aa PF01163 RIO1 46-174 aa PF03109 ABC1 99-178 aa PF06293 Kdo 120-170 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774584.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 33 179 8.4e-46 157.2 Protein kinase domain
XP_057774584.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 35 178 4.8e-27 95.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057774584.1 Pfam PF01163 RIO1 Domain 46 174 1.2e-06 29.0 RIO domain
XP_057774584.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 99 178 5.9e-08 32.9 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057774584.1 Pfam PF06293 Kdo Family 120 170 0.0001 22.5 Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918601.1
CAAAAAATCAGTTGCGAATTTAGGGTTCTCGATCAAAATCAGCAGCTGTATATTATCTCGCATACTGCAATCGAATTGAGCTTTGAGTAAATAAGCTGTTAAACCCTCGAGATTAGAAGCTAAAATTCACTGCAAATCAATGACCGCCGCCGCCGCCGGAAACAACGGCACAGCCGTAAGCAAATCTCTGAAATCGTCGAAGCAGAAGGAGCTGCAGGGGCTGCTATTAGACCGGTACGACGTCGGAAAGGTCATCGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993638
ATGACCGCCGCCGCCGCCGGAAACAACGGCACAGCCGTAAGCAAATCTCTGAAATCGTCGAAGCAGAAGGAGCTGCAGGGGCTGCTATTAGACCGGTACGACGTCGGAAAGGTCATCGGCCACGGGACCTTCGCGAAGGTGTACCACGCGAGGAACGTGAAGACAAGTGAGGGCGTGGCGATAAAGGTCACCGACAAGGAGAAGATCTTGAAAGTCGGTCTAATGGCGCAAATCAAGCGCGAGATCTCGATCCTGCGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774584.1
MTAAAAGNNGTAVSKSLKSSKQKELQGLLLDRYDVGKVIGHGTFAKVYHARNVKTSEGVAIKVTDKEKILKVGLMAQIKREISILRRVRHPNIVQLFKVMATKSKIFFVMEFVKGGELFSKVAKGRLKEEVARKYFQQLISAVAFYHARGVYHRDLKPENILLDEDDNLKVSDFGLSAIPEQVVVVVVVGGGMEVVVVVVGGGMEVVVGPTTK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器