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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002672

染色体: Chr07 坐标: 26003144-26007404 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002672
名称SmilChr07G002672
描述serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26003144 - 26007404 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993737
GeneID130993737
locus_tag-
NCBI NameLOC130993737
原始查询SmilChr07G002672

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit
产物serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit
ArabidopsisAT1G10430 (PP2A-2)
protein phosphatase 2A-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837583]
identity=95.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0574500 (OsPP2A-1)
-
identity=92.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0070262 (peptidyl-serine dephosphorylation)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00149 (Metallophos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057774760.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057774760.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057774760.1
4 Midbody Midbody 0.40000 XP_057774760.1
5 Centrosome 中心体 0.20000 XP_057774760.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26003570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B37,B99,D10
Chr7:26006859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B68,C48
Chr7:26007043 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 14 A25,B105,B114,B123,B133,B36,B91,C10,C18,C22,C28,C7,C72,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057774760.1
306 aa
N
1
153
306
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 48-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057774760.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 48 241 2.3e-46 159.4 Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057918777.1
ACAACAATAAAACAAATTACATATATACTCAGATATATATAGGTCTACCCTTGCTGTATCTATAATAAATTGTTTAGATAAATGTTTAAAAAACATACTTTCCCAATCATTTCTGGAATTTAGATTCTCGGAAAAATGCAAATAAATCTCAGAAATAGAAAATCATAAATAAATAAAAATATCGATTTCTGGTATCTCGCTGAAAAATTCTCCAAAATCAAGATCTCAGGTGTCCCGCGGCTCATCGAGTCTTACTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993737
ATGCCGGGGCATGGGGATTTGGATAGGCAGATAGAGCAATTGATGGAGTGCAAGCCGCTGTCGGAGGCGGAGGTGAAGATTTTGTGTGATCAGGCGCGGGCGATTTTGGTGGAGGAATGGAATGTGCAGCCGGTGAAATGTCCCGTTACTGTGTGCGGTGATATCCACGGGCAGTTCTACGATCTGATCGAGCTTTTCCGGATTGGAGGCAATGCTCCAGATACGAATTACCTCTTCATGGGAGACTATGTTGATCGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057774760.1
MPGHGDLDRQIEQLMECKPLSEAEVKILCDQARAILVEEWNVQPVKCPVTVCGDIHGQFYDLIELFRIGGNAPDTNYLFMGDYVDRGYYSVETVTLLVALKVRYRDRITILRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKFFTDLFDYLPLTALIESQIFCLHGGLSPSLDTLDNIRALDRIQEVPHEGPMCDLLWSDPDDRCGWGISPRGAGYTFGQDIAAQFNHTNGLSLISRAHQLVMEGYNWCQDKNVVTVFSAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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