当前解析结果
SmilChr07G002672| 统一新 Gene ID | SmilChr07G002672 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G002672 |
| 描述 | serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 26003144 - 26007404 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130993737 |
|---|---|
| GeneID | 130993737 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130993737 |
| 原始查询 | SmilChr07G002672 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit |
| 产物 | serine/threonine-protein phosphatase PP2A-2 catalytic subunit |
| Arabidopsis | AT1G10430 (PP2A-2)protein phosphatase 2A-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837583] identity=95.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0574500 (OsPP2A-1)- identity=92.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0070262 (peptidyl-serine dephosphorylation) |
| KEGG | smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00149 (Metallophos) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130993737 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057774760.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057774760.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057774760.1 |
| 4 | Midbody | Midbody | 0.40000 | XP_057774760.1 |
| 5 | Centrosome | 中心体 | 0.20000 | XP_057774760.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:26003570 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B37,B99,D10 |
Chr7:26006859 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B68,C48 |
Chr7:26007043 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A25,B105,B114,B123,B133,B36,B91,C10,C18,C22,C28,C7,C72,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057774760.1PF00149
Metallophos 48-241 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057774760.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 48 | 241 | 2.3e-46 | 159.4 | Calcineurin-like phosphoesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。