同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G002685

染色体: Chr07 坐标: 26249528-26251842 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G002685
名称SmilChr07G002685
描述glutathione S-transferase U17-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向26249528 - 26251842 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130995704
GeneID130995704
locus_tag-
NCBI NameLOC130995704
原始查询SmilChr07G002685

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase U17-like
产物glutathione S-transferase U17-like
ArabidopsisAT1G10370 (ERD9)
Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837576]
identity=52.07; qcov=0.96; evalue=9.44e-82; confidence=high
RiceOs10g0525400 (OsGSTU15)
-
identity=49.31; qcov=0.938; evalue=2.27e-71; confidence=high
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGGsmil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130995704

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057777079.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:26250976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:26250999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B75,D11
Chr7:26251039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr7:26251301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:26251394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr7:26251463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B44,D7
Chr7:26251475 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C14
Chr7:26251594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21
Chr7:26251626 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B108,B119,B122,B76,B81,B87,B90,B92,C21,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777079.1
225 aa
N
1
112
225
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
GST_C
C
PF02798 GST_N 5-76 aa PF13417 GST_N_3 8-77 aa PF13409 GST_N_2 14-77 aa PF00043 GST_C 99-199 aa
XP_057777080.1
204 aa
N
1
102
204
GST_N_2
GST_N_3
GST_N
GST_C
C
PF13409 GST_N_2 1-56 aa PF13417 GST_N_3 1-56 aa PF02798 GST_N 2-55 aa PF00043 GST_C 78-178 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777079.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 5 76 3.8e-18 66.3 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777079.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 8 77 1.8e-16 60.9 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777079.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 14 77 1e-13 52.4 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777079.1 Pfam PF00043 GST_C Domain 99 199 2.3e-05 25.2 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057777080.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 1 56 5e-10 40.6 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777080.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 1 56 1.1e-11 45.5 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777080.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 2 55 2.8e-13 50.7 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057777080.1 Pfam PF00043 GST_C Domain 78 178 1.9e-05 25.5 Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921096.1
GAACATCTCTACGCCGTGGGGATCTTATCTCCACATATATTCTTCCCTTGTTTTATATTTCCTGACAAGAAAATATCTATCAGGGAAGATTTTGACATATACCCTATAGGCTAGCTCGTTTGGTAATTCATGTATTTAGATTATATATAGTTAATCATTGCTATAATTATGTTTATATTATAAAATCACACAAATTTGTATAATGTTTTTGGATTTTTTGGTTTATAAAGGGTCGTGTATTTTGTACGAAACAAGATATT...
XM_057921097.1
TTCATGTATTTAGATTATATATAGTTAATCATTGCTATAATTATGTTTATATTATAAAATCACACAAATTTGTATAATGTTTTTGGATTTTTTGGTTTATAAAGGGTCGTGTATTTTGTACGAAACAAGATATTAGGCTGTCATATAGCTAGTGATGTGAAGCTTTTAGGATTTTGGCAAAGTCCCTTTGTGATTCGGGTGCAGATGGCTCTTAAGTTGAAGGCTGTTGAATACGAGTTTGTTGAGACGGACCCCTACAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130995704
ATGGCAGCTAGTGATGTGAAGCTTTTAGGATTTTGGCAAAGTCCCTTTGTGATTCGGGTGCAGATGGCTCTTAAGTTGAAGGCTGTTGAATACGAGTTTGTTGAGACGGACCCCTACAACAAGAACGAACTTCTTCTAAAAACCAATCCCGTTCACAAAAAAATCCCAGTTTTGATCCATGGAGACAGGCCTGTTTGTGAGTCCCTTGTCATTATTCAGTACATTGATGATGTCTGGGGCGATGGCCCCTCCATTCTTCC...
LOC130995704
ATGGCTCTTAAGTTGAAGGCTGTTGAATACGAGTTTGTTGAGACGGACCCCTACAACAAGAACGAACTTCTTCTAAAAACCAATCCCGTTCACAAAAAAATCCCAGTTTTGATCCATGGAGACAGGCCTGTTTGTGAGTCCCTTGTCATTATTCAGTACATTGATGATGTCTGGGGCGATGGCCCCTCCATTCTTCCCTCTGATCCTTACCAGCGCTCCCTAGCGCGTTTTTGGGCAGCATATGTTGATGACAAGCTGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777079.1
MAASDVKLLGFWQSPFVIRVQMALKLKAVEYEFVETDPYNKNELLLKTNPVHKKIPVLIHGDRPVCESLVIIQYIDDVWGDGPSILPSDPYQRSLARFWAAYVDDKLLPLFKELKEEKDKDAKKGIIKKMSENFILLEDAFVSCGEGKGFFGGDEVGYVDIVLGCFVGSMRAIEIVMDVKFLDKNTSPGLVAWAERLCADSIVKDVIPTTQKLIDFIAARAQQKA
XP_057777080.1
MALKLKAVEYEFVETDPYNKNELLLKTNPVHKKIPVLIHGDRPVCESLVIIQYIDDVWGDGPSILPSDPYQRSLARFWAAYVDDKLLPLFKELKEEKDKDAKKGIIKKMSENFILLEDAFVSCGEGKGFFGGDEVGYVDIVLGCFVGSMRAIEIVMDVKFLDKNTSPGLVAWAERLCADSIVKDVIPTTQKLIDFIAARAQQKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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