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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003897`

染色体: Chr07 坐标: 48966578-48982188 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003897`
名称	SmilChr07G003897
描述	protein NUCLEOLAR FACTOR 1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	48966578 - 48982188 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994599`
GeneID	`130994599`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994599`
原始查询	`SmilChr07G003897`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NUCLEOLAR FACTOR 1-like
产物	protein NUCLEOLAR FACTOR 1-like
Arabidopsis	`AT1G17690` (NOF1) U3 small nucleolar RNA-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838345] identity=58.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0295100` - identity=51; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000462 (maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005730 (nucleolus); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0032040 (small-subunit processome); GO:0034511 (U3 snoRNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF06862 (Utp25_C); PF22916 (UTP25_NTPase-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775632.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057775632.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057775632.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775632.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775632.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:48966729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B129,B55,C32,C68
`Chr7:48966735`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B118,B125,C30,C50,C64
`Chr7:48966735`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B118,B125,C30,C50,C64
`Chr7:48966757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C77
`Chr7:48966763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B55,C32,C68
`Chr7:48967510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr7:48967547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C85
`Chr7:48967972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr7:48967998`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C64
`Chr7:48967998`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C64
`Chr7:48967999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C24
`Chr7:48968002`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775632.1

605 aa

302

605

UTP25_NTPase-like

Utp25_C

PF22916 UTP25_NTPase-like 127-416 aa PF06862 Utp25_C 427-604 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775632.1`	Pfam	`PF22916`	UTP25_NTPase-like	Domain	127	416	2.8e-100	335.9	UTP25, NTP hydrolase-like domain
`XP_057775632.1`	Pfam	`PF06862`	Utp25_C	Domain	427	604	1.6e-57	194.9	Utp25, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919649.1
TTAGGGGTTTAACACAGAGCGGCGCAGCGATCTTCTCTTTTCCTCTTCTCCCTCGTCTGCAACTCTGCATCCTTCTCCCTGCCAGCCTTCTCCCCACCGCCATTCGTGGTAACAACACTAATACCAACGATAGTAGCGACTGGTTGACGAAGCTGTTGGAGCCCGCCTCTAAGGTTATATCATATGGCGCGAACCTCCCTCCTCGACGACGATAAATTCGCCGCCGCCTCCCTCTGCACAACCCGTATCCAGCCGCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994599
ATGTCCGACACAGATGATTATGATGTAATGTCCGACACAGATGAAGAAGCCACATCAATAGCGAACGATCAAGCCCTTTCAGATGCATCTTCAGTTATAAGCAACTTTGACAATCATTTGAGTTACAAACTGGTATCTGCCGAGGTGGACTCTTTATTAAAAAGGAAATGGAAGTACACATGGAAGATGCCAGCTATTAACATGTCAAATTGTCATTGGAAAGGAACAGGAGAATGCTCTATTAAGGATCTGGAAACAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775632.1
MSDTDDYDVMSDTDEEATSIANDQALSDASSVISNFDNHLSYKLVSAEVDSLLKRKWKYTWKMPAINMSNCHWKGTGECSIKDLETNSLSGLKPRLYKHWLESCKASSSSECHQSKLRSFFSICSSYYDIMHYNKEPFYLKGLEEDSNIMDAYLMHSLNHVFKSKDLMVKNERKLSKNQVSVECQSVDDDAYRDRGFTRPKVLMLLPLAGIMRRVVKRLIQLTPTKHKVTVENLERFCEEFGSGRTENKDEDDDLEIPKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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