当前解析结果
SmilChr07G004318| 统一基因 ID | SmilChr07G004318 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004318 |
| 描述 | vacuolar-processing enzyme-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 55726449 - 55731218 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994865 |
|---|---|
| GeneID | 130994865 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130994865 |
| 原始查询 | SmilChr07G004318 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | vacuolar-processing enzyme-like |
| 产物 | vacuolar-processing enzyme-like |
| 拟南芥 | AT4G32940 (GAMMA-VPE)gamma vacuolar processing enzyme [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829431] identity=76.62; qcov=0.943; evalue=0.0; confidence=high |
| 水稻 | Os01g0559600 (OsVPE2)- identity=73.29; qcov=0.897; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0006624 (vacuolar protein processing); GO:0051603 (GO:0051603) |
| KEGG | smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01650 (Peptidase_C13); PF20985 (Legum_prodom) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994865 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 液泡 | 1.00000 | XP_057775959.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:55726748 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr7:55726835 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr7:55727276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:55727296 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr7:55728256 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,D9 |
Chr7:55728584 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,B7,C23 |
Chr7:55728597 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B109,B79,B97 |
Chr7:55728824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:55728826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr7:55729249 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C10,C14,C34,C82 |
Chr7:55729269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr7:55730971 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775959.1PF01650
Peptidase_C13 52-323 aa
PF20985
Legum_prodom 374-470 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775959.1 |
Pfam | PF01650 |
Peptidase_C13 | Domain | 52 | 323 | 6e-118 | 393.8 | Peptidase C13 family |
XP_057775959.1 |
Pfam | PF20985 |
Legum_prodom | Domain | 374 | 470 | 1.9e-42 | 144.1 | Legumain, prodomain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。