当前解析结果
SmilChr07G004703| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004703 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004703 |
| 描述 | ATP synthase subunit b', chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 59919670 - 59920664 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995272 |
|---|---|
| GeneID | 130995272 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995272 |
| 原始查询 | SmilChr07G004703 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ATP synthase subunit b', chloroplastic |
| 产物 | ATP synthase subunit b'%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT4G32260 (PDE334)ATPase, F0 complex, subunit B/B', bacterial/chloroplast [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829359] identity=66.2; qcov=1.02; evalue=2.82e-79; confidence=high |
| Rice | Os03g0278900- identity=74.1; qcov=0.678; evalue=3.07e-61; confidence=high |
| GO | GO:0015078 (proton transmembrane transporter activity); GO:0015986 (proton motive force-driven ATP synthesis); GO:0045263 (GO:0045263) |
| KEGG | smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00430 (ATP-synt_B) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995272 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057776486.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057776486.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 1.00000 | XP_057776486.1 |
| 4 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057776486.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776486.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:59920048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr7:59920090 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C56 |
Chr7:59920119 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C70,C73,D9 |
Chr7:59920245 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr7:59920281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr7:59920360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr7:59920503 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776486.1PF00430
ATP-synt_B 79-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776486.1 |
Pfam | PF00430 |
ATP-synt_B | Coiled-coil | 79 | 208 | 1.7e-14 | 54.8 | ATP synthase B/B' CF(0) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。