当前解析结果
SmilChr08G000018| 统一基因 ID | SmilChr08G000018 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000018 |
| 描述 | aberrant root formation protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 135013 - 139055 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999641 |
|---|---|
| GeneID | 130999641 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130999641 |
| 原始查询 | SmilChr08G000018 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | aberrant root formation protein 4 |
| 产物 | aberrant root formation protein 4 |
| 拟南芥 | AT5G11030 (ALF4)aberrant root formation protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830970] identity=45.22; qcov=0.973; evalue=6.28e-155; confidence=high |
| 水稻 | Os08g0290100- identity=40.62; qcov=0.897; evalue=1.05e-127; confidence=medium |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0055105 (ubiquitin-protein transferase inhibitor activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08568 (Kinetochor_Ybp2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999641 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057781217.1 |
| 2 | 细胞质 | 0.40000 | XP_057781217.1 |
| 3 | 核膜 | 0.20000 | XP_057781217.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:135273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B61,B8,C4 |
Chr8:135274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,B98,C60 |
Chr8:135357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C12,C29,C57 |
Chr8:136120 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr8:136129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr8:136604 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr8:136733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:136749 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C81 |
Chr8:137295 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr8:137508 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C32,C45,C68,C78,D11 |
Chr8:137526 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,C26 |
Chr8:137658 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B103,B105,B132,B139,B23,B41,B54,B87,B92,C20,C32,C54,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781217.1PF08568
Kinetochor_Ybp2 46-181 aa
PF08568
Kinetochor_Ybp2 384-552 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781217.1 |
Pfam | PF08568 |
Kinetochor_Ybp2 | Repeat | 46 | 181 | 2.1e-30 | 106.6 | Uncharacterised protein family, YAP/Alf4/glomulin |
XP_057781217.1 |
Pfam | PF08568 |
Kinetochor_Ybp2 | Repeat | 384 | 552 | 2.1e-30 | 106.6 | Uncharacterised protein family, YAP/Alf4/glomulin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。