同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000216

染色体: Chr08 坐标: 1476527-1479458 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000216
名称SmilChr08G000216
描述peroxygenase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1476527 - 1479458 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999833
GeneID130999833
locus_tag-
NCBI NameLOC130999833
原始查询SmilChr08G000216

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxygenase-like
产物peroxygenase-like
ArabidopsisAT4G26740 (ATS1)
peroxygenase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828781]
identity=66.96; qcov=0.931; evalue=3.77e-118; confidence=high
RiceOs04g0510900 (OsEnS-68)
-
identity=64.23; qcov=0.988; evalue=9.3e-117; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005509 (calcium ion binding)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05042 (Caleosin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999833

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057781489.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057781489.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057781489.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057781489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1476911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr8:1477994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B49
Chr8:1478020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B49,D11
Chr8:1478037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr8:1478049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C42,C62,D11
Chr8:1478055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C52
Chr8:1478058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:1478094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,C42,C62,D11
Chr8:1478205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,C25,D4,D7
Chr8:1478219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B104,B7
Chr8:1478220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:1478222 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B14,B21,D4,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781489.1
247 aa
N
1
124
247
Caleosin
C
PF05042 Caleosin 68-235 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781489.1 Pfam PF05042 Caleosin Family 68 235 3.4e-76 255.6 Caleosin related protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925506.1
CACAACAATACGTCGTCAAAAATTGGATTCGACGTATGCGTGTGTTGATCAAACAATAGATGATTAATGCTCAAAATCTGAGATTTTGTGTTCAAATTCACCGTATTTATTTATCTGTCTAATTTATCAAAGTAAAGATCGGATTTGGTCAAGACGACTCGAATCCCTCTGCTTGAGACTGCTGCAGCGACGGACACATGCATATGCCGTCGCACGTGTCAAATAGAAGTCGTATGTGAGCGCCGCCGCCGCTCTGCATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057781489.1_40438
ATGGCGAGGTCTTACGCTGTGGCTGCAGGTGGGATGGACAGAAACGCTGCATTGTCGGCGGAGGCGCCGCTTGCTCCGGTGACTATGGAGCGGCCGGTGCGGACTGATTTGGAAACTTCCATCCCTAAACCATATGTGGCTAGGGCATTGGTGGCCCCCGATATGGACCACCCGAACGGGACGCCGGGCCTTGCGCATAACGACTTGAGCGTGCTGCAGCAGCATTGTGCCTTCTTTGATCAAGATGATAATGGGATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781489.1
MARSYAVAAGGMDRNAALSAEAPLAPVTMERPVRTDLETSIPKPYVARALVAPDMDHPNGTPGLAHNDLSVLQQHCAFFDQDDNGIIYPWETYSGFRQLGFNMIASFVMAIIINVSMSYATLPGWLPSPFFPIYLYNIHKAKHGSSSRTYDREGRYCPPEFESIFSKHAAEFPDKLTYGELWSMTEANREAFDIFGWVASKLEWTILYILARDEEGYLSKEAIRRCFDGSLFDYCAKMQMGAEGKMK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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