当前解析结果
SmilChr08G000216| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000216 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000216 |
| 描述 | peroxygenase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1476527 - 1479458 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999833 |
|---|---|
| GeneID | 130999833 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999833 |
| 原始查询 | SmilChr08G000216 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peroxygenase-like |
| 产物 | peroxygenase-like |
| Arabidopsis | AT4G26740 (ATS1)peroxygenase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828781] identity=66.96; qcov=0.931; evalue=3.77e-118; confidence=high |
| Rice | Os04g0510900 (OsEnS-68)- identity=64.23; qcov=0.988; evalue=9.3e-117; confidence=high |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005509 (calcium ion binding) |
| KEGG | smil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF05042 (Caleosin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999833 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057781489.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057781489.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057781489.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057781489.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1476911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C77 |
Chr8:1477994 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B49 |
Chr8:1478020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B49,D11 |
Chr8:1478037 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr8:1478049 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B71,C42,C62,D11 |
Chr8:1478055 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C52 |
Chr8:1478058 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:1478094 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B71,C42,C62,D11 |
Chr8:1478205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,C25,D4,D7 |
Chr8:1478219 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B104,B7 |
Chr8:1478220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr8:1478222 |
TTC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B14,B21,D4,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781489.1PF05042
Caleosin 68-235 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781489.1 |
Pfam | PF05042 |
Caleosin | Family | 68 | 235 | 3.4e-76 | 255.6 | Caleosin related protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。