同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000273

染色体: Chr08 坐标: 1861645-1863775 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G000273
名称SmilChr08G000273
描述pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1861645 - 1863775 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997051
GeneID130997051
locus_tag-
NCBI 名称LOC130997051
原始查询SmilChr08G000273

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like
产物pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like
拟南芥AT5G44040 (AT5G44040)
eisosome SEG2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834427]
identity=29.43; qcov=0.894; evalue=3.86e-09; confidence=low
水稻Os04g0511700
-
identity=30.08; qcov=0.608; evalue=2.82e-07; confidence=low
GOGO:0007142 (male meiosis II)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997051

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞质 1.00000 XP_057778313.1
2 细胞核 0.20000 XP_057778313.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1863231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B38,B76,B86,C20
Chr8:1863263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:1863397 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:1863471 ATG * 2bp_deletion CDS_variant 4 B20,C26,C51,C57
Chr8:1863479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:1863667 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 5 B18,B3,B58,B72,C66
Chr8:1863667 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 5 B18,B3,B58,B72,C66
Chr8:1863668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B12,B89,C47,C78
Chr8:1863698 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B18,B3,B58,B72,C66
Chr8:1863698 GT G 1bp_deletion CDS_variant 5 B18,B3,B58,B72,C66
Chr8:1863729 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C80
Chr8:1863729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922330.1
ATGGTCATCAAGAATGGGATATTGATGACATGCGATAGGGAGAAGCCATCATCAATATCGAAACTCAAAAAGAAAGTGAGGTTTAACCTAAATGTGAAGGCTTACGAAGCGATTTCACATGAAGTCGCCTCGTATCTTTCAGAGGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGCAAATAACACCGCAGGCAGCTTGCACTACGAAGAGGACGTACAGTACGAAGACGAAGACGTAGCACTTGATGAAAGTGATCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057778313.1_40518
ATGGTCATCAAGAATGGGATATTGATGACATGCGATAGGGAGAAGCCATCATCAATATCGAAACTCAAAAAGAAAGTGAGGTTTAACCTAAATGTGAAGGCTTACGAAGCGATTTCACATGAAGTCGCCTCGTATCTTTCAGAGGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGCAAATAACACCGCAGGCAGCTTGCACTACGAAGAGGACGTACAGTACGAAGACGAAGACGTAGCACTTGATGAAAGTGATCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778313.1
MVIKNGILMTCDREKPSSISKLKKKVRFNLNVKAYEAISHEVASYLSEEEKEEEEEEGANNTAGSLHYEEDVQYEDEDVALDESDHELDDDDVSSIYDDDDDDNVAKNIQFQTTESRSNPQRYDSSVLTPIENLSQWREIKAKAKTADLKMQKENSIISTMDSHHSDSKLRVSNVISVDASLSNWLSSLEKNPLINSGP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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