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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000315

染色体: Chr08 坐标: 2209657-2210442 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000315
名称SmilChr08G000315
描述probable protein phosphatase 2C 55
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向2209657 - 2210442 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997054
GeneID130997054
locus_tag-
NCBI NameLOC130997054
原始查询SmilChr08G000315

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable protein phosphatase 2C 55
产物probable protein phosphatase 2C 55
ArabidopsisAT4G16580 (AT4G16580)
Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827359]
identity=45.8; qcov=0.92; evalue=7.97e-63; confidence=high
RiceOs03g0809300 (OsPP57)
-
identity=46.7; qcov=0.927; evalue=3.64e-62; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997054

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778316.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057778316.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057778316.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778316.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778316.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:2209671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B140
Chr8:2209695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr8:2209734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C13
Chr8:2209737 A ATG 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 B122
Chr8:2209737 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B122
Chr8:2209747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr8:2209764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C2
Chr8:2209815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B25
Chr8:2209821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:2209832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B7,B99,C59,C80
Chr8:2209835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:2209857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922333.1
ATGGCGGATTCTTTCTATATACCGAAAGAAAGAAAGCCGCCGGCGAAGCCTGACGGCGAAGACGCCCATTTTTTCTTCCAAAAGGCGCAGGTCATCGGCGTCGCTGACGGCGTCGGCGGCTGGGCGAAGAAAGGCGTCGACGCCGGCGAGTACGCGCGCGAGCTGATGCGTAATGCCGCCGACGCAGTCAAGGGCTGCTCCGTCCCCGCCGCCGTCAACCCAAAGTCGGTCCTCGCCAGCGCCTTCGCGAAGACGGAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997054
ATGGCGGATTCTTTCTATATACCGAAAGAAAGAAAGCCGCCGGCGAAGCCTGACGGCGAAGACGCCCATTTTTTCTTCCAAAAGGCGCAGGTCATCGGCGTCGCTGACGGCGTCGGCGGCTGGGCGAAGAAAGGCGTCGACGCCGGCGAGTACGCGCGCGAGCTGATGCGTAATGCCGCCGACGCAGTCAAGGGCTGCTCCGTCCCCGCCGCCGTCAACCCAAAGTCGGTCCTCGCCAGCGCCTTCGCGAAGACGGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778316.1
MADSFYIPKERKPPAKPDGEDAHFFFQKAQVIGVADGVGGWAKKGVDAGEYARELMRNAADAVKGCSVPAAVNPKSVLASAFAKTESPGSSTACIISLAGSRLRAVSIGDSGFAVIRGGRTVYRSPAQQSRFNAPYQLGGTSGEGLESAAEMEVEVESGDVVIAATDGFFDNVFPEEAEGMVGRCLSHGMTSAMVARELATAAHSRSRQSDAVVPFGVAAREAGMEYSGGKADDITVVVAYVMPYVNSCCLHSFTGYLWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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