Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000699`

染色体: Chr08 坐标: 5188912-5191182 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G000699`
名称	SmilChr08G000699
描述	protein SPA, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	5188912 - 5191182 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000276`
GeneID	`131000276`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC131000276`
原始查询	`SmilChr08G000699`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SPA, chloroplastic
产物	protein SPA%2C chloroplastic
拟南芥	`AT3G44020` (AT3G44020) thylakoid lumenal P17.1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823519] identity=58.78; qcov=0.805; evalue=1.48e-47; confidence=medium
水稻	`Os01g0930000` - identity=82.72; qcov=0.509; evalue=9.82e-46; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF28704 (BSD2_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000276

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	叶绿体	1.00000	`XP_057782075.1`
2	叶绿体类囊体	1.00000	`XP_057782075.1`
3	叶绿体基质	0.40000	`XP_057782075.1`
4	叶绿体膜	0.20000	`XP_057782075.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:5189544`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A10,A19,A20,A23,B106,B110,B118,B131,B134,B135,B3,B30,B31,B44,B49,B6,B76,B82,B84,B85,B86,C1,C10,C11,C13,C27,C3,C41,C50,C67,C69,C74,C76,D3
`Chr8:5190040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr8:5191050`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782075.1

169 aa

169

BSD2_N

PF28704 BSD2_N 78-106 aa

XP_057782076.1

159 aa

159

BSD2_N

PF28704 BSD2_N 78-106 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`XP_057782075.1`	Pfam	`PF28704`	BSD2_N	Domain	78	106	3.3e-15	56.0	BSD2 N-terminal zinc-binding domain
`XP_057782076.1`	Pfam	`PF28704`	BSD2_N	Domain	78	106	2.9e-15	56.1	BSD2 N-terminal zinc-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926093.1
TTTTATGCGTTTGTATTTGTTAGCCTGGAAATAACAAAACAAGTGATGAAAATAATAAACAATAAATAAAATAGAAAAGAAGTTGGAAACGAAGCTCGGAGCTCCACATGTTACAATCTCCCCTTCATGGCTGCAGCACCACCACCGCCGCCGCCACTTTCTCTCTCATCACCGTCTCCCTCTCCTCCGGCCATTCCTTCATCTCTCTTCTTCCCCTCTCATCACTCCAACTCGGAAATCCCAGTCTTGTCCTCATCATT...

XM_057926092.1
GCGTTTGTATTTGTTAGCCTGGAAATAACAAAACAAGTGATGAAAATAATAAACAATAAATAAAATAGAAAAGAAGTTGGAAACGAAGCTCGGAGCTCCACATGTTACAATCTCCCCTTCATGGCTGCAGCACCACCACCGCCGCCGCCACTTTCTCTCTCATCACCGTCTCCCTCTCCTCCGGCCATTCCTTCATCTCTCTTCTTCCCCTCTCATCACTCCAACTCGGAAATCCCAGTCTTGTCCTCATCATTTATTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782076.1_41064
ATGGCTGCAGCACCACCACCGCCGCCGCCACTTTCTCTCTCATCACCGTCTCCCTCTCCTCCGGCCATTCCTTCATCTCTCTTCTTCCCCTCTCATCACTCCAACTCGGAAATCCCAGTCTTGTCCTCATCATTTATTTCAAAATTTTCAGAATTGAGCCAATTCCATCATCACCCCACCATTTCAACCAACCCCATTTTTCTCTTCACCGGAATCGACTCACCGCCTATAGTTGACACGCAAACTTTCTTGGTCACTGT...

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782075.1_41065
ATGGCTGCAGCACCACCACCGCCGCCGCCACTTTCTCTCTCATCACCGTCTCCCTCTCCTCCGGCCATTCCTTCATCTCTCTTCTTCCCCTCTCATCACTCCAACTCGGAAATCCCAGTCTTGTCCTCATCATTTATTTCAAAATTTTCAGAATTGAGCCAATTCCATCATCACCCCACCATTTCAACCAACCCCATTTTTCTCTTCACCGGAATCGACTCACCGCCTATAGTTGACACGCAAACTTTCTTGGTCACTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057782075.1
MAAAPPPPPPLSLSSPSPSPPAIPSSLFFPSHHSNSEIPVLSSSFISKFSELSQFHHHPTISTNPIFLFTGIDSPPIVDTQTFLVTVSVLVAISLSLVLGLKGDPVPCERCAGNGGTKCVFCNDGKMKVETGLVDCKVCKGAGMYLSPLINACFCCYLLAYVARFVHSS

XP_057782076.1
MAAAPPPPPPLSLSSPSPSPPAIPSSLFFPSHHSNSEIPVLSSSFISKFSELSQFHHHPTISTNPIFLFTGIDSPPIVDTQTFLVTVSVLVAISLSLVLGLKGDPVPCERCAGNGGTKCVFCNDGKMKVETGLVDCKVCKGAGLILCKKCGGSGYSKRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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