同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000724

染色体: Chr08 坐标: 5369005-5370219 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G000724
名称SmilChr08G000724
描述uncharacterized SmilChr08G000724
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5369005 - 5370219 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997983
GeneID130997983
locus_tag-
NCBI 名称LOC130997983
原始查询SmilChr08G000724

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0749500; species=rice; confidence=high
产物hit=Os03g0749500; species=rice; confidence=high
拟南芥AT5G20940 (AT5G20940)
Glycosyl hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832219]
identity=61.23; qcov=0.898; evalue=1.26e-83; confidence=high
水稻Os03g0749500
-
identity=59.75; qcov=0.949; evalue=2.41e-93; confidence=high
GOGO:0008422 (beta-glucosidase activity); GO:0009251 (glucan catabolic process)
KEGG-
PfamPF01915 (Glyco_hydro_3_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997983

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 胞外分泌 1.00000 XP_057779404.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5369009 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 22 A18,A25,B104,B111,B120,B140,B34,B44,B61,B69,C3,C30,C32,C35,C37,C50,C6,C68,C71,C75,C83,D4
Chr8:5369357 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 B3
Chr8:5369357 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B3
Chr8:5369647 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C75
Chr8:5369647 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 C75
Chr8:5369654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:5369703 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 28 A22,A24,B107,B12,B129,B131,B21,B23,B28,B3,B30,B44,B52,B58,B66,B75,B88,B89,C11,C31,C47,C53,C69,C70,C78,C86,D3,D7
Chr8:5369706 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 28 A22,A24,B107,B12,B129,B131,B21,B23,B28,B3,B30,B44,B52,B58,B66,B75,B88,B89,C11,C31,C47,C53,C69,C70,C78,C86,D3,D7
Chr8:5369712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:5369761 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 15 A15,B28,B50,B57,B67,B77,B83,B86,C21,C7,C73,C84,D1,D6,D8
Chr8:5369794 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 34 A21,A6,B10,B100,B102,B103,B109,B11,B118,B132,B17,B18,B31,B42,B43,B48,B53,B65,B69,B72,B8,B81,B87,B94,C16,C18,C34,C40,C54,C56,C57,C71,D1,D9
Chr8:5369802 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 13 B28,B41,B50,B57,B77,B83,B86,C21,C73,C84,D1,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779404.1
236 aa
N
1
118
236
Glyco_hydro_3_C
C
PF01915 Glyco_hydro_3_C 26-229 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057779404.1 Pfam PF01915 Glyco_hydro_3_C Domain 26 229 4.2e-33 115.7 Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923421.1
ATGGCGCTGTTTCTGGGAATCCCTATCAAGAAAATGCATGCTAACCAGAATCATCGGGAAGCAGTGAGGAGGTCACTAGTGCTTCTGAAAAATGGTAAATCTGCAAATCAGCCCTTGCTCCCCCTTAAAAAGGATGCCCACAAAGTACTAGTTGCAGGAACTCATGCAGATAATCTTGGATATCAATGTGGAGGCTGGACAGTTAAATGGCAGGGCCGGGTGTCAAAGGCAATTATCTCATACTTGCTGATTTCTCGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057779404.1_41110
ATGGCGCTGTTTCTGGGAATCCCTATCAAGAAAATGCATGCTAACCAGAATCATCGGGAAGCAGTGAGGAGGTCACTAGTGCTTCTGAAAAATGGTAAATCTGCAAATCAGCCCTTGCTCCCCCTTAAAAAGGATGCCCACAAAGTACTAGTTGCAGGAACTCATGCAGATAATCTTGGATATCAATGTGGAGGCTGGACAGTTAAATGGCAGGGCCGGGTGTCAAAGGCAATTATCTCATACTTGCTGATTTCTCGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779404.1
MALFLGIPIKKMHANQNHREAVRRSLVLLKNGKSANQPLLPLKKDAHKVLVAGTHADNLGYQCGGWTVKWQGRVSKAIISYLLISRLSAFSGTTVLNPIRKTVDPSTQVVHIENPTICVVGEVPYAEEYGDSKNLTIIEPGPSAISNVCGVVVISGRPVTIKPYLDKIDALVAAWLPGTEGQGVADVLFGQYGFTGKLPRTWFKSVNQLPMNAGDPHYDPLFPFGFALTTNHRQGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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