当前解析结果
SmilChr08G000844| 统一基因 ID | SmilChr08G000844 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000844 |
| 描述 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 6238834 - 6242297 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000425 |
|---|---|
| GeneID | 131000425 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC131000425 |
| 原始查询 | SmilChr08G000844 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 2-like |
| 产物 | UDP-glucuronic acid decarboxylase 2-like |
| 拟南芥 | AT3G62830 (AUD1)NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825458] identity=81.09; qcov=0.986; evalue=0.0; confidence=high |
| 水稻 | Os07g0674100 (OsUXS6)- identity=74.6; qcov=0.982; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0042732 (D-xylose metabolic process); GO:0048040 (UDP-glucuronate decarboxylase activity); GO:0070403 (NAD+ binding) |
| KEGG | smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01073 (3Beta_HSD); PF01370 (Epimerase); PF02719 (Polysacc_synt_2); PF04321 (RmlD_sub_bind); PF07993 (NAD_binding_4); PF16363 (GDP_Man_Dehyd) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000425 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057782308.1 |
| 2 | 内质网 | 0.20000 | XP_057782308.1 |
| 3 | 高尔基体堆叠 | 0.20000 | XP_057782310.1 |
| 4 | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057782308.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:6239244 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,B46,C16 |
Chr8:6239266 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:6239363 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr8:6239365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B63,D2,D8 |
Chr8:6239381 |
A |
ATG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 141 | A1,A10,A11,A13,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A6,A7,B10,B102,B103,B104,B106,B109,B11,B111,B112,B119,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B13,B130,B133,B135,B137,B139,B14,B140,B18,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B29,B33,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B48,B49,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B73,B75,B76,B77,B78,B8,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B93,B94,B95,B96,C1,C10,C11,C12,C14,C17,C19,C2,C20,C23,C24,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C52,C53,C55,C59,C6,C63,C69,C7,C70,C71,C75,C76,C77,C8,C81,C82,C83,C85,D1,D10,D4,D7,D8 |
Chr8:6239389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:6239400 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 87 | A11,A15,A16,A20,A23,A24,A7,A8,B100,B105,B106,B108,B110,B113,B115,B118,B123,B128,B129,B132,B136,B138,B139,B17,B18,B2,B21,B22,B28,B29,B3,B34,B36,B38,B39,B44,B45,B46,B48,B5,B50,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B75,B79,B82,B87,B88,B90,B91,B92,B98,B99,C1,C14,C15,C16,C17,C19,C20,C25,C26,C27,C32,C34,C38,C40,C42,C46,C49,C50,C54,C56,C61,C68,C79,C8,C84,C86,C87,D11 |
Chr8:6239413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B13,B46,C16 |
Chr8:6239948 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:6240977 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C57,C71,C80,C81 |
Chr8:6240992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:6241553 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782308.1PF04321
RmlD_sub_bind 117-364 aa
PF02719
Polysacc_synt_2 118-229 aa
PF01370
Epimerase 118-351 aa
PF01073
3Beta_HSD 119-270 aa
PF16363
GDP_Man_Dehyd 120-444 aa
PF07993
NAD_binding_4 172-285 aa
XP_057782310.1PF04321
RmlD_sub_bind 117-380 aa
PF02719
Polysacc_synt_2 118-229 aa
PF01370
Epimerase 118-351 aa
PF01073
3Beta_HSD 119-270 aa
PF16363
GDP_Man_Dehyd 120-414 aa
PF07993
NAD_binding_4 172-285 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782308.1 |
Pfam | PF04321 |
RmlD_sub_bind | Domain | 117 | 364 | 2.8e-08 | 33.9 | RmlD substrate binding domain |
XP_057782308.1 |
Pfam | PF02719 |
Polysacc_synt_2 | Family | 118 | 229 | 1.9e-06 | 28.0 | Polysaccharide biosynthesis protein |
XP_057782308.1 |
Pfam | PF01370 |
Epimerase | Family | 118 | 351 | 1.4e-47 | 162.9 | NAD dependent epimerase/dehydratase family |
XP_057782308.1 |
Pfam | PF01073 |
3Beta_HSD | Family | 119 | 270 | 2.7e-12 | 47.0 | 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family |
XP_057782308.1 |
Pfam | PF16363 |
GDP_Man_Dehyd | Domain | 120 | 444 | 2.6e-56 | 192.2 | GDP-mannose 4,6 dehydratase |
XP_057782308.1 |
Pfam | PF07993 |
NAD_binding_4 | Family | 172 | 285 | 1.3e-10 | 41.6 | Male sterility protein |
XP_057782310.1 |
Pfam | PF04321 |
RmlD_sub_bind | Domain | 117 | 380 | 7.3e-10 | 39.1 | RmlD substrate binding domain |
XP_057782310.1 |
Pfam | PF02719 |
Polysacc_synt_2 | Family | 118 | 229 | 5.8e-07 | 29.7 | Polysaccharide biosynthesis protein |
XP_057782310.1 |
Pfam | PF01370 |
Epimerase | Family | 118 | 351 | 1.2e-47 | 163.1 | NAD dependent epimerase/dehydratase family |
XP_057782310.1 |
Pfam | PF01073 |
3Beta_HSD | Family | 119 | 270 | 2.3e-12 | 47.3 | 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family |
XP_057782310.1 |
Pfam | PF16363 |
GDP_Man_Dehyd | Domain | 120 | 414 | 1e-55 | 190.3 | GDP-mannose 4,6 dehydratase |
XP_057782310.1 |
Pfam | PF07993 |
NAD_binding_4 | Family | 172 | 285 | 1.2e-10 | 41.7 | Male sterility protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。