同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000936

染色体: Chr08 坐标: 6947206-6948168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000936
名称SmilChr08G000936
描述uncharacterized SmilChr08G000936
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6947206 - 6948168 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000619
GeneID131000619
locus_tag-
NCBI NameLOC131000619
原始查询SmilChr08G000936

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836489]; symbol=AT5G63690; hit=AT5G63690; species=arabidopsis; confidence=high
产物Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836489]; symbol=AT5G63690; hit=AT5G63690; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G63690 (AT5G63690)
Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836489]
identity=62.41; qcov=0.892; evalue=9.27e-60; confidence=high
Rice-
-
GOGO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0003677 (DNA binding); GO:0007093 (mitotic cell cycle checkpoint signaling); GO:0010212 (response to ionizing radiation); GO:0070876 (SOSS complex)
KEGG-
PfamPF21473 (OB_Ssb-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000619

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782618.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057782618.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6947703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:6947811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C51,C79
Chr8:6948060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B4,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782618.1
148 aa
N
1
74
148
OB_Ssb-like
C
PF21473 OB_Ssb-like 43-101 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782618.1 Pfam PF21473 OB_Ssb-like Domain 43 101 0.00013 22.7 Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926635.1
AGAAGTCAATATATTTTTATTTTCGAAAGGAACAAATATTAAATATTTACTTACAATCATGTACTCGAAGCGGTGTTTGACCTGAATAATTAAACTTATACCTAAACTTGAAGCAAAATATAGTACTTATTAATTCTCCATTAGTCATTCATTCACTATTTCCGGCTGGAACTACTATAAATCATTTATTCTATGTATAAATAAATGGTGAGTGGTAACATATTCAGGCTTTTCAACTCTCCTAATAATTTCATTGGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782618.1_41420
ATGAACCAGAAAAGTCAGACGGCGATGCGGATGGTGCAGCCTCTGAGGAGCATCGTGCCAGCAGCCGAGAACAACATAAACGCCAAATTCATAGTGGTGGACAAAGGCCGCGTGGCTATGGAGGGCCAGTTCAAAACATGCCTGGCGCTGGTCGCCGACGAGACTGCCGCCGTGCACTTCCAGCTCTGGGGCGACGAGTGCGAGGCGGTGGAGGCCGGCGACATATTGGTGCTCAGGAACGGCATATTCTCCTACAGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782618.1
MNQKSQTAMRMVQPLRSIVPAAENNINAKFIVVDKGRVAMEGQFKTCLALVADETAAVHFQLWGDECEAVEAGDILVLRNGIFSYSRSSLLLRAGKRGTVEKVGEFTMPFVETPNLSEMRWAPDPRAANKYVQQAVFSAHSRIFPPPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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