Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001039`

染色体: Chr08 坐标: 7917902-7921344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001039`
名称	SmilChr08G001039
描述	exosome complex component RRP41-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7917902 - 7921344 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000602`
GeneID	`131000602`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000602`
原始查询	`SmilChr08G001039`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	exosome complex component RRP41-like
产物	exosome complex component RRP41-like
Arabidopsis	`AT4G27490` (RRP41L) 3'-5'-exoribonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828858] identity=72.8; qcov=1; evalue=5.63e-140; confidence=high
Rice	`Os03g0844450` (OSJNBa0032G11.15) - identity=65.6; qcov=0.988; evalue=5.43e-123; confidence=high
GO	GO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000177 (cytoplasmic exosome (RNase complex)); GO:0005730 (nucleolus); GO:0016075 (rRNA catabolic process); GO:0034427 (GO:0034427); GO:0034475 (U4 snRNA 3'-end processing); GO:0071028 (nuclear mRNA surveillance); GO:0071051 (poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01138 (RNase_PH); PF03725 (RNase_PH_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000602

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782595.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057782595.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057782595.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057782595.1`
5	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057782595.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7918109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C77
`Chr8:7919080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B33,B62,B66,B76
`Chr8:7919121`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B121
`Chr8:7919123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B93,C4,C61,C87,D3
`Chr8:7919778`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B91,C44
`Chr8:7919778`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B91,C44
`Chr8:7919844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,C11
`Chr8:7919993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr8:7920005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C67
`Chr8:7920049`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	64	A10,A19,A20,A24,A4,A5,A7,B102,B105,B108,B114,B118,B13,B130,B135,B137,B20,B23,B25,B28,B32,B35,B46,B65,B71,B77,B80,B84,B87,B89,B94,C1,C10,C16,C18,C20,C25,C27,C28,C29,C33,C34,C35,C4,C46,C5,C50,C52,C54,C56,C60,C61,C62,C68,C7,C71,C75,C81,C82,C87,D2,D3,D4,D5
`Chr8:7920069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C87
`Chr8:7920403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B51,B99,C62,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782595.1

256 aa

128

256

RNase_PH

RNase_PH_C

PF01138 RNase_PH 42-166 aa PF03725 RNase_PH_C 170-231 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782595.1`	Pfam	`PF01138`	RNase_PH	Domain	42	166	8.5e-31	107.8	3' exoribonuclease family, domain 1
`XP_057782595.1`	Pfam	`PF03725`	RNase_PH_C	Domain	170	231	1e-08	35.7	3' exoribonuclease family, domain 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926612.1
ACGAGTTGAAAAAAAAGAGTAAAAAAGAAATGTGTTAGTAAGTGAAAATACAAAAAAGAAAAGGAAAAGGAAAAGAAAAAAGGTTAAGGGGAGAAAACCTGGCACGGCGACACCCACCAACGCACACACAAACTGCAATGGCCGGAAAACCTGGTGCTGCGGCGCCCACATATTCGCCATCGATGACCGGTCAGCGGAAGAAGAGGCCCTCGATTCAAAACGACTCTGAATGGGTCCGACCCGACGGCCGCGGCCTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000602
ATGGCCGGAAAACCTGGTGCTGCGGCGCCCACATATTCGCCATCGATGACCGGTCAGCGGAAGAAGAGGCCCTCGATTCAAAACGACTCTGAATGGGTCCGACCCGACGGCCGCGGCCTCCACCAGTGCCGCCCTGCATTTTTAAAGACCGGCGCAGTGAATTCTGCCTCGGGGTCTGCTTATGCAGAGTTCGGAAACACCAAGGTCATTGTATCTGTCTTTGGTCCCAGGGAAAGTAAGAAAGCTATGATGTATAGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782595.1
MAGKPGAAAPTYSPSMTGQRKKRPSIQNDSEWVRPDGRGLHQCRPAFLKTGAVNSASGSAYAEFGNTKVIVSVFGPRESKKAMMYSNDGRLNCNVSYTTFASPVRGQTPETKDLSSMLHKALEGAIILKSFPKTTVDVFALVLESGGSDLPVITSCASLALADAGIMLYDMVASVSVSCIGKNLLIDPVSEEESHQDGGLMITCMPSRNEVTQMTVTGEWSTTKINEAMQLCLDACSKLGKIMRSCLKEAASAPQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器