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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001125

染色体: Chr08 坐标: 8751326-8754294 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001125
名称SmilChr08G001125
描述L-ascorbate peroxidase, cytosolic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8751326 - 8754294 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000707
GeneID131000707
locus_tag-
NCBI NameLOC131000707
原始查询SmilChr08G001125

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述L-ascorbate peroxidase, cytosolic-like
产物L-ascorbate peroxidase%2C cytosolic-like
ArabidopsisAT1G07890 (APX1)
ascorbate peroxidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837304]
identity=79.2; qcov=1; evalue=7.98e-151; confidence=high
RiceOs07g0694700 (APX2)
-
identity=79; qcov=0.988; evalue=6.63e-148; confidence=high
GOGO:0000302 (response to reactive oxygen species); GO:0004601 (peroxidase activity); GO:0020037 (heme binding); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGGsmil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000707

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782725.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782725.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782725.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782725.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782725.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8752857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B18
Chr8:8752981 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B14
Chr8:8752981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:8753946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782725.1
250 aa
N
1
125
250
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 27-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782725.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 27 227 5e-47 161.4 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926742.1
CTCCATCAACTGGCGTCTCATTGACCTATCACGAATTTCTGTCACTCTCTACACTCCCCACTCTCACTCTGTGTGTATATATATCCATGTCACTCTACTTGTGCTCTCCACGCTCCCGTTAGAGTACGATCATATATCTCTCTACGTTTTTCAGAAAGTTGTGAAGATGGTGAAGAATTATCCAACGGTGAGTGAGGAGTACTTGAAGGCTATTCAGAAAGCCAAGAGGAAGCTCAGAGGCTTCATCGCTGAGAAGCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000707
ATGGTGAAGAATTATCCAACGGTGAGTGAGGAGTACTTGAAGGCTATTCAGAAAGCCAAGAGGAAGCTCAGAGGCTTCATCGCTGAGAAGCACTGCGCTCCTCTCATGCTCCGCTTAGCGTGGCACTCTGCTGGAACATATGACCAAAGCAGCAAGACCGGAGGTCCTTTTGGGACCATGAGATTCAAGGCTGAGCAGGGACACGAGGCGAACAATGGTATTGATAAAGCCATTGCGCTCCTAGAGCCCATCAAAGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782725.1
MVKNYPTVSEEYLKAIQKAKRKLRGFIAEKHCAPLMLRLAWHSAGTYDQSSKTGGPFGTMRFKAEQGHEANNGIDKAIALLEPIKEQFPILSHADFFQLAGVVAVEITGGPEVPFHPGRPDKDEPPMEGRLPDATKGCDHLRDVFVKQMGLSDQDIVALSGGHTLGRCHKERSGFEGPWTANPLIFDNSYFKELLAGEREGLLQLPSDKALLSDPVFRPYVDKYAADEDAFFADYAVAHQKLSELGYGDA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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