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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001129

染色体: Chr08 坐标: 8854025-8857245 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001129
名称SmilChr08G001129
描述mitogen-activated protein kinase homolog NTF6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8854025 - 8857245 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000712
GeneID131000712
locus_tag-
NCBI NameLOC131000712
原始查询SmilChr08G001129

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitogen-activated protein kinase homolog NTF6
产物mitogen-activated protein kinase homolog NTF6
ArabidopsisAT1G07880 (ATMPK13)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837303]
identity=77; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0533600 (OsMPK6)
-
identity=76.3; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004707 (MAP kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGGsmil04148 (Efferocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04517 (IgSF CAM signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04620 (Toll-like receptor signaling pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000712

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782738.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782738.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057782738.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782738.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782738.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8854289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr8:8854292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B64,C76
Chr8:8854322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:8854719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C36
Chr8:8856132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B52
Chr8:8856816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782738.1
373 aa
N
1
186
373
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 48-239 aa PF00069 Pkinase 48-329 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782738.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 48 239 1.9e-30 106.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782738.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 48 329 1.2e-67 228.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926755.1
ATTCAAAGTGGAGAGCGCACAACATTTCAAATTTCCGAAAGCGAAAAAACACCCTCGCCACTCGATAATTCCCAAAACCCTTTCCCCACCTCCCCACTTTTTCCCTCCTTTCACTTGAGCTCTCAAATTCGCCAACCTCCAAAAATCTCCACTCTCTCAGCTAAAGGACATGGAAAAGGAAAACGAAATCGAATCCAATGCTTCAGCTGTTCAAGTAAAAGGCGTTCCAATCCATGGCGGAAGATTCATTCAGTACAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000712
ATGGAAAAGGAAAACGAAATCGAATCCAATGCTTCAGCTGTTCAAGTAAAAGGCGTTCCAATCCATGGCGGAAGATTCATTCAGTACAACGTCCTCGGCAACCTCTTCGAGGTCCCCTCCAAATACGCGCCGCCGATCACTCCCGTCGGCCGCGGCGCTTACGGTCTCGTTTGCTCTGCTACCAATGCCGAGACGATGGAGGAGGTGGCGATTAAGAGAATCGCGAATGCGTTCGATAACAGGATTGATGCGAAGCGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782738.1
MEKENEIESNASAVQVKGVPIHGGRFIQYNVLGNLFEVPSKYAPPITPVGRGAYGLVCSATNAETMEEVAIKRIANAFDNRIDAKRTLREIKLLTHMDHENVIKIKDIIRPPDKADFNDVYIAYELMDTDLHQIICSTQELTEDHCQYFLYQLLRGLKYVHSAGVLHRDLKPSNLLLNSNCDLKICDFGLARTSSETDFMTEYVVTRWYRAPELLLNCSEYTAAIDMWSVGCILMEIIKREPLFPGKDYIQQLGLITELL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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