Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001153`

染色体: Chr08 坐标: 9140237-9142109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001153`
名称	SmilChr08G001153
描述	proliferating cell nuclear antigen
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	9140237 - 9142109 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000736`
GeneID	`131000736`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000736`
原始查询	`SmilChr08G001153`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proliferating cell nuclear antigen
产物	proliferating cell nuclear antigen
Arabidopsis	`AT2G29570` (PCNA2) proliferating cell nuclear antigen 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817506] identity=90.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0805200` (OsPCNA) - identity=91.5; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006272 (leading strand elongation); GO:0006275 (regulation of DNA replication); GO:0006298 (mismatch repair); GO:0019985 (translesion synthesis); GO:0030337 (DNA polymerase processivity factor activity); GO:0043626 (PCNA complex)
KEGG	smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03430 (Mismatch repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00705 (PCNA_N); PF02747 (PCNA_C); PF04139 (Rad9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000736

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782770.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057782770.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057782770.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057782770.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782770.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:9140414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B138,B15,C1
`Chr8:9140471`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A23,B107,B111,B113,B115,B69,B73,B74,C13,C80
`Chr8:9140674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B24,B53,B61
`Chr8:9140683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B80,C49,C58,C72
`Chr8:9140708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:9141243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,B87,C38
`Chr8:9141795`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782770.1

264 aa

132

264

PCNA_N

Rad9

PCNA_C

PF00705 PCNA_N 1-125 aa PF04139 Rad9 13-217 aa PF02747 PCNA_C 127-254 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782770.1`	Pfam	`PF00705`	PCNA_N	Domain	1	125	1.7e-58	196.6	Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain
`XP_057782770.1`	Pfam	`PF04139`	Rad9	Family	13	217	4.8e-07	30.2	Rad9
`XP_057782770.1`	Pfam	`PF02747`	PCNA_C	Domain	127	254	2.7e-61	206.1	Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926787.1
GCACTTCTCCCGCCAGTCAAAAAGGCCTCGTCGCTTCCCTATATAAACCCTAACCCACCTCTGCCCCCGTAAAAAAATTCAACCGTAACCCTAGCCCTAACCCCCCAAATTTTCCCTCCAAAAACAGGAAGTTTTTCCCATTCCTTCAGTAATCGGGGGAGGATGTTGGAGCTCCGGCTGGTGCAGGGGAGCCTGTTGAAGAAGGTTCTAGAAGCGATCAAGGAGCTGGTGACCGATGCGAACTTCGACTGCTCCGCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000736
ATGTTGGAGCTCCGGCTGGTGCAGGGGAGCCTGTTGAAGAAGGTTCTAGAAGCGATCAAGGAGCTGGTGACCGATGCGAACTTCGACTGCTCCGCTACCGGCTTCTCTCTGCAGGCTATGGATTCCAGCCACGTGGCGCTGGTGGCGCTGCTGCTCCGCTCGGAGGGCTTCGAGCACTACCGCTGCGACCGAAACATCTCCATGGGGATGAATCTCAACAACATGGCTAAAATGCTCAAATGCGCTGGCAACGATGATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782770.1
MLELRLVQGSLLKKVLEAIKELVTDANFDCSATGFSLQAMDSSHVALVALLLRSEGFEHYRCDRNISMGMNLNNMAKMLKCAGNDDIITLKADDGSDTVTFMFESPTQDKISDFEMKLMDIDSEHLGIPEAEYHAIVRMPSAEFARICKDLSSIGDTVVISVTKEGVKFSTRGDIGTANVVCRQNTTVDKPEDATVIEMNEPVSLTFALRYLNSFTKATPLSSTVTISLSSELPVVVEYKIAEMGYIRFYLAPKIEEDEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器