Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001331`

染色体: Chr08 坐标: 10647338-10648690 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001331`
名称	SmilChr08G001331
描述	2-hydroxyisoflavanone dehydratase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10647338 - 10648690 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000879`
GeneID	`131000879`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000879`
原始查询	`SmilChr08G001331`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	2-hydroxyisoflavanone dehydratase-like
产物	2-hydroxyisoflavanone dehydratase-like
Arabidopsis	`AT1G19190` (AT1G19190) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838502] identity=48.73; qcov=0.916; evalue=5.65e-92; confidence=high
Rice	`Os09g0462200` - identity=44.18; qcov=0.947; evalue=3.72e-90; confidence=medium
GO	GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00135 (COesterase); PF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000879

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057782997.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057782997.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057782997.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10647450`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C66
`Chr8:10647450`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C66
`Chr8:10647470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:10647513`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B117,B80,C52,C82
`Chr8:10647597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr8:10647612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr8:10647614`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,C45,C80
`Chr8:10647632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:10647743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,C19,D11
`Chr8:10647887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,B78,C75
`Chr8:10648007`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B26
`Chr8:10648150`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782997.1

321 aa

160

321

BD-FAE

COesterase

Abhydrolase_3

PF20434 BD-FAE 75-183 aa PF00135 COesterase 76-129 aa PF07859 Abhydrolase_3 88-297 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782997.1`	Pfam	`PF20434`	BD-FAE	Domain	75	183	6.4e-15	56.0	BD-FAE
`XP_057782997.1`	Pfam	`PF00135`	COesterase	Domain	76	129	7.3e-07	29.2	Carboxylesterase family
`XP_057782997.1`	Pfam	`PF07859`	Abhydrolase_3	Domain	88	297	4.9e-48	164.4	alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927014.1
TTGGAAGAGTATATAATAAAAAAAATAACAAATCATGACAAAGTTATTTTTATAAAATAATTATTAATTTATAAATTATTAAAACTTATTTTGACATGCTCAATCAAACACACACTTAATCCAAATTTAGAAGAATGGGAGTATGAGATTAGAAAGTAACCCAATAGCGATTTGAAGCATAACCGCCAAAAACAAGACAAGCGTCAAATGTAGGTGAGCACTGAGCGACGTTCATTATCCACATTCATATCACACTCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782997.1_41959
ATGGTAGCTCGCCTCATCTTCTTCCTAACATTCTTGACTCTCAATTCACAGTCACTCCCCACAGCCACAGACCCCATTCTCTATGACATTTACCCCTTCATCAGAGTCTACAAGAACGGCACAATCCAGAGATTCATCGGCCAAGATTTCGCTCCGCCCTCCACCGATCCAACCACCGGCGTCCGCTCCAAAGACGTCCATTTCTCTCATCTCTCCGCCAGGCTCTACCTCCCCAAAAACGCCGCCCGCAAGCTCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782997.1
MVARLIFFLTFLTLNSQSLPTATDPILYDIYPFIRVYKNGTIQRFIGQDFAPPSTDPTTGVRSKDVHFSHLSARLYLPKNAARKLPLLIYFHGGGFFTESAFSPTYHHHLISLVATAQIVAVSVNYRLAPEHPLPAAYQDAWLALQWTFSHYTDPWLKRHADFDQFYLGGDSAGANIAHRMAVRVGPGVNLRGMFLNCPFFLGKKAIGNESGDVYAETQMRKLWLYAYPNSTGLDDPLVNPGMDPGLGRVGCQRVLVYVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器