Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001582`

染色体: Chr08 坐标: 13068041-13072773 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001582`
名称	SmilChr08G001582
描述	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	13068041 - 13072773 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001127`
GeneID	`131001127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001127`
原始查询	`SmilChr08G001582`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2-like
产物	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2-like
Arabidopsis	`AT1G04860` (UBP2) ubiquitin-specific protease 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839397] identity=40.18; qcov=0.734; evalue=6.74e-143; confidence=medium
Rice	`Os09g0505100` - identity=32.41; qcov=0.626; evalue=9.34e-79; confidence=low
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG	smil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00443 (UCH); PF02148 (zf-UBP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001127

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783357.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:13068353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:13068374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:13068501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:13069181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr8:13069554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr8:13069690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr8:13069699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:13069787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr8:13069900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:13069928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A7,B137,B40,C33
`Chr8:13069988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B15,B97,C1,C28
`Chr8:13070027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783357.1

1013 aa

506

1013

zf-UBP

UCH

PF02148 zf-UBP 74-160 aa PF00443 UCH 224-1010 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783357.1`	Pfam	`PF02148`	zf-UBP	Domain	74	160	1.5e-13	51.5	Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein
`XP_057783357.1`	Pfam	`PF00443`	UCH	Family	224	1010	2.1e-54	185.6	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927374.1
ATTCCCCACAATCCCGCAGTCAGGTTTTGGTCTACCTTTTCTGTCCGCTGCTCATCTGGTCTCACACTCCTCTCCTTGTGTGAGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGGGGGAGGGAAAAGTGTTGCAATGAAAAACGAATAGCAGCCGCGACCGATTGCCCCGAACCCAATTCAGACGGAGAAAGAAAAACGTCCAAGAATTCACATCCCTTTTTAATTCACAATTATTATCTATTCCAACACCTTCCCCCATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057783357.1_42313
ATGGGGAAAAAGGTGAAGAAGAAAGTAAGAAGCGGTCCGAAAGAGAAACGGGGTCCCTCGATGTCTCCAGTGACAGTTCCCCAAGATGTCACAAGCAATGCTGAAACTCCTGCCAATGGAGTTGTGGTTACCAAAGATAGGGGAGTGTGTTCCCATGTTGATAAAGGTATCAACTTAGACAAACTTTCTGCCAAACTGAGGTCTTCAGGATCAGCCAAGTGTGAAGATTGTCGGGGGAATGTGGCCGATAGACGAGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783357.1
MGKKVKKKVRSGPKEKRGPSMSPVTVPQDVTSNAETPANGVVVTKDRGVCSHVDKGINLDKLSAKLRSSGSAKCEDCRGNVADRRAKKGQGKHGKKGGAKSETRAIWVCLECGHYACGGVGLPTTPQSHAVRHSKQNHHPLVVHYENHQLLWCFPCDKLVLCENSEDHKHKEALNEVVKMLKGQPGEGSSLDVEDVWFGSASVTSTVKLDYSVSTNGKAVYSIRGLSNLGNTCFFNSVLQNLFAIKTLRDYFFKLDESVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器