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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002294`

染色体: Chr08 坐标: 21412014-21417259 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G002294`
名称	SmilChr08G002294
描述	squalene epoxidase 3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21412014 - 21417259 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001820`
GeneID	`131001820`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC131001820`
原始查询	`SmilChr08G002294`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	squalene epoxidase 3-like
产物	squalene epoxidase 3-like
拟南芥	`AT1G58440` (XF1) FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842213] identity=74.59; qcov=0.828; evalue=0.0; confidence=high
水稻	`Os03g0231700` - identity=82.18; qcov=0.799; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0004506 (squalene monooxygenase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane); GO:0016126 (sterol biosynthetic process); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding)
KEGG	smil00100 (Steroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00909 (Sesquiterpenoid and triterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01494 (FAD_binding_3); PF08491 (SE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001820

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亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	叶绿体膜	1.00000	`SmilChr08G002294.1`
2	叶绿体	0.60000	`SmilChr08G002294.1`
3	线粒体	0.40000	`SmilChr08G002294.2`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21412307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:21412391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B35,B46,B8,B94
`Chr8:21412558`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B91
`Chr8:21412558`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B91
`Chr8:21413749`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr8:21413963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,C46
`Chr8:21414671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr8:21415609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr8:21416772`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:21416928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B67,B7,C33
`Chr8:21417091`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B56,B66,B8,B96
`Chr8:21417091`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B56,B66,B8,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G002294.1

来源蛋白: XP_057784401.1

596 aa

298

596

FAD_binding_3

PF01494 FAD_binding_3 130-442 aa PF08491 SE 280-552 aa

SmilChr08G002294.2

来源蛋白: XP_057784402.1

593 aa

296

593

FAD_binding_3

PF01494 FAD_binding_3 130-442 aa PF08491 SE 280-552 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G002294.1` XP_057784401.1	Pfam	`PF01494`	FAD_binding_3	Domain	130	442	1.8e-15	57.7	FAD binding domain
`SmilChr08G002294.1` XP_057784401.1	Pfam	`PF08491`	SE	Family	280	552	8.7e-118	393.1	Squalene epoxidase
`SmilChr08G002294.2` XP_057784402.1	Pfam	`PF01494`	FAD_binding_3	Domain	130	442	1.8e-15	57.7	FAD binding domain
`SmilChr08G002294.2` XP_057784402.1	Pfam	`PF08491`	SE	Family	280	552	8.7e-118	393.1	Squalene epoxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928419.1
ATTATTTCAAAGCTAGTTAGAAAAAGTTTCCCCGGTGAGTCCGAGATCCACATGCATCTTATAAGATCCCACCGCCTCTGCTCCGCCGTTGCAGCGCCTTCTTCCGCCTCCGCAAAATTACGTTTTCCTGCCGGAATCTCCCGCGTAGCAAGACTAAAAACAAAAAAATATTTCCCCGCTTTCCACCTTCACATGAACACTAGCGCAATCCTTCCGTATTCGAGCTGGAATTTCAGCAGTTTCAATTGTGTGAGGATGGA...

XM_057928418.1
AAGCTAGTTAGAAAAAGTTTCCCCGGTGAGTCCGAGATCCACATGCATCTTATAAGATCCCACCGCCTCTGCTCCGCCGTTGCAGCGCCTTCTTCCGCCTCCGCAAAATTACGTTTTCCTGCCGGAATCTCCCGCGTAGCAAGACTAAAAACAAAAAAATATTTCCCCGCTTTCCACCTTCACATGAACACTAGCGCAATCCTTCCGTATTCGAGCTGGAATTTCAGCAGTTTCAATTGTGTGAGGATGGAGGCCAACAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G002294.2 (XP_057784402.1)
ATGCATCTTATAAGATCCCACCGCCTCTGCTCCGCCGTTGCAGCGCCTTCTTCCGCCTCCGCAAAATTACGTTTTCCTGCCGGAATCTCCCGCGTAGCAAGACTAAAAACAAAAAAATATTTCCCCGCTTTCCACCTTCACATGAACACTAGCGCAATCCTTCCGTATTCGAGCTGGAATTTCAGCAGTTTCAATTGTGTGAGGATGGAGGCCAACATTGTCTGGACATTCTTCACTTTTCTATTCGGTGTCACTGCCTT...

SmilChr08G002294.1 (XP_057784401.1)
ATGCATCTTATAAGATCCCACCGCCTCTGCTCCGCCGTTGCAGCGCCTTCTTCCGCCTCCGCAAAATTACGTTTTCCTGCCGGAATCTCCCGCGTAGCAAGACTAAAAACAAAAAAATATTTCCCCGCTTTCCACCTTCACATGAACACTAGCGCAATCCTTCCGTATTCGAGCTGGAATTTCAGCAGTTTCAATTGTGTGAGGATGGAGGCCAACATTGTCTGGACATTCTTCACTTTTCTATTCGGTGTCACTGCCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G002294.1 (XP_057784401.1)
MHLIRSHRLCSAVAAPSSASAKLRFPAGISRVARLKTKKYFPAFHLHMNTSAILPYSSWNFSSFNCVRMEANIVWTFFTFLFGVTALCVLRRKSIDSARGKNDGMKRGGSEIRSNSSNGECRPDEDSEPDVIIVGAGVAGAALAYTLGKDGRRVRAIDRDLSEPDRIVGELLQPGGYLKLIELGLEDCVENIDAQHVLGYALFKDGKSTKLSYPLEKFQSNVAGRGFHNGRFIQRMREKAATLPNVQLEQGTVTSLLEEN...

SmilChr08G002294.2 (XP_057784402.1)
MHLIRSHRLCSAVAAPSSASAKLRFPAGISRVARLKTKKYFPAFHLHMNTSAILPYSSWNFSSFNCVRMEANIVWTFFTFLFGVTALCVLRRKSIDSARGKNDGMKRGGSEIRSNSSNGECRPDEDSEPDVIIVGAGVAGAALAYTLGKDGRRVRAIDRDLSEPDRIVGELLQPGGYLKLIELGLEDCVENIDAQHVLGYALFKDGKSTKLSYPLEKFQSNVAGRGFHNGRFIQRMREKAATLPNVQLEQGTVTSLLEEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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