同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002331

染色体: Chr08 坐标: 21963406-21964145 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002331
名称SmilChr08G002331
描述60S ribosomal protein L26-1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21963406 - 21964145 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001852
GeneID131001852
locus_tag-
NCBI NameLOC131001852
原始查询SmilChr08G002331

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述60S ribosomal protein L26-1-like
产物60S ribosomal protein L26-1-like
ArabidopsisAT3G49910 (AT3G49910)
Translation protein SH3-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824153]
identity=86.3; qcov=1.0; evalue=1.57e-92; confidence=high
RiceOs12g0150100
-
identity=79.61; qcov=1.0; evalue=3.58e-82; confidence=high
GOGO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00467 (KOW); PF16906 (Ribosomal_L26)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001852

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,投票比例不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057784458.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057784458.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21963622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B29,B95,C32,C68
Chr8:21963688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B95,C32,C68
Chr8:21963703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr8:21963841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:21963854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr8:21963863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:21963926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B35,C61
Chr8:21963942 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B19
Chr8:21963942 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784458.1
146 aa
N
1
73
146
Ribosomal_L26
KOW
C
PF16906 Ribosomal_L26 8-121 aa PF00467 KOW 51-82 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784458.1 Pfam PF16906 Ribosomal_L26 Family 8 121 4.8e-38 130.2 Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal
XP_057784458.1 Pfam PF00467 KOW Family 51 82 2.7e-09 37.2 KOW motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928475.1
TAATTATAGAAGCAGAAAAATAATATTACGGCCCAAAACAAGAGCCCAAAAATGAAGTCCAAACAAGGCACTACATCTATAAGTATATAAGAGCAGAGTGCAAAACCCTAACCCTCCTCTGCGAAAATCAAATTCCCAAATTTCATCTCATCTCATCCCGGCGGCGAAAATGAAGTACAACCCACGCGTGTCGTCCTCCCGCCGCAAGAGCCGGAAGGCCCACTTCACGGCGCCGTCGAGCGTGCGGCGCGTGCTGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784458.1_43384
ATGAAGTACAACCCACGCGTGTCGTCCTCCCGCCGCAAGAGCCGGAAGGCCCACTTCACGGCGCCGTCGAGCGTGCGGCGCGTGCTGATGAGCGCGCCCCTCTCTGGCGACCTCCGGTCCAAGTACAACGCGCGATCGATGCCGGTGCGCAAGGACGACGAGGTGCAGGTGGTCCGCGGCACCTACAAGGGGCGCGAGGGCAAGGTCGTCCAGGTCTACCGCAAGAAATGGGTGATCCACATCGAGCGCATCACCCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784458.1
MKYNPRVSSSRRKSRKAHFTAPSSVRRVLMSAPLSGDLRSKYNARSMPVRKDDEVQVVRGTYKGREGKVVQVYRKKWVIHIERITREKVNGSTVNVGIHPSKVVITKLRLDKDRKSLLDRKAKGRAAADKDKGTKFTAEDIMQTID

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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