当前解析结果
SmilChr08G002331| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002331 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002331 |
| 描述 | 60S ribosomal protein L26-1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21963406 - 21964145 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001852 |
|---|---|
| GeneID | 131001852 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001852 |
| 原始查询 | SmilChr08G002331 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 60S ribosomal protein L26-1-like |
| 产物 | 60S ribosomal protein L26-1-like |
| Arabidopsis | AT3G49910 (AT3G49910)Translation protein SH3-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824153] identity=86.3; qcov=1.0; evalue=1.57e-92; confidence=high |
| Rice | Os12g0150100- identity=79.61; qcov=1.0; evalue=3.58e-82; confidence=high |
| GO | GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit); GO:0042273 (ribosomal large subunit biogenesis) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00467 (KOW); PF16906 (Ribosomal_L26) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001852 |
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,投票比例不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057784458.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057784458.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21963622 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,B29,B95,C32,C68 |
Chr8:21963688 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B95,C32,C68 |
Chr8:21963703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr8:21963841 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr8:21963854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr8:21963863 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr8:21963926 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B35,C61 |
Chr8:21963942 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B19 |
Chr8:21963942 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784458.1PF16906
Ribosomal_L26 8-121 aa
PF00467
KOW 51-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784458.1 |
Pfam | PF16906 |
Ribosomal_L26 | Family | 8 | 121 | 4.8e-38 | 130.2 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
XP_057784458.1 |
Pfam | PF00467 |
KOW | Family | 51 | 82 | 2.7e-09 | 37.2 | KOW motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。