当前解析结果
SmilChr08G002911| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002911 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002911 |
| 描述 | galactinol synthase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 29085328 - 29086866 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997514 |
|---|---|
| GeneID | 130997514 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997514 |
| 原始查询 | SmilChr08G002911 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | galactinol synthase 2-like |
| 产物 | galactinol synthase 2-like |
| Arabidopsis | AT1G56600 (GolS2)galactinol synthase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842114] identity=71.64; qcov=1.0; evalue=0.0; confidence=high |
| Rice | Os03g0316200 (OsGolS1)- identity=71.88; qcov=0.927; evalue=1.42e-174; confidence=high |
| GO | GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | smil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997514 |
特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057778832.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057778832.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:29085587 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:29085635 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,C9 |
Chr8:29085877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr8:29086028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,C10,C79,C81 |
Chr8:29086123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr8:29086356 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B33,B49,C32,C68 |
Chr8:29086440 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr8:29086473 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778832.1PF01501
Glyco_transf_8 30-272 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778832.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 30 | 272 | 1.2e-43 | 150.3 | Glycosyl transferase family 8 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。