同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002911

染色体: Chr08 坐标: 29085328-29086866 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002911
名称SmilChr08G002911
描述galactinol synthase 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29085328 - 29086866 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997514
GeneID130997514
locus_tag-
NCBI NameLOC130997514
原始查询SmilChr08G002911

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述galactinol synthase 2-like
产物galactinol synthase 2-like
ArabidopsisAT1G56600 (GolS2)
galactinol synthase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842114]
identity=71.64; qcov=1.0; evalue=0.0; confidence=high
RiceOs03g0316200 (OsGolS1)
-
identity=71.88; qcov=0.927; evalue=1.42e-174; confidence=high
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01501 (Glyco_transf_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997514

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778832.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057778832.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29085587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:29085635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C9
Chr8:29085877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr8:29086028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,C10,C79,C81
Chr8:29086123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:29086356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:29086440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:29086473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778832.1
330 aa
N
1
165
330
Glyco_transf_8
C
PF01501 Glyco_transf_8 30-272 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778832.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 30 272 1.2e-43 150.3 Glycosyl transferase family 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922849.1
AGTCAAAACCAAATTCTCAGGAGTTTTAACTTTTTCCCACCTCGATCCATCTAACATTTTCTACGCAAAAAAAAAAAAAAATGTAATTTTCCATGCAACAGTTATTTTCCTCCCCAAAAAATTTCTATATAAAGCGACCACTCCTCTCATTCAAAATTATCAAACACAGCAAACACTTCTTTCCTAACTAATCAAGAAAGCTTTGAACAAAATGGCGCCGGAAATCATGAACCGTCCCTTGAACCGGGGTGCCTCCGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057778832.1_44075
ATGGCGCCGGAAATCATGAACCGTCCCTTGAACCGGGGTGCCTCCGGTCTGGCGAAGGCCGGAAGCCTGCCGAGCCGTGCTTACGTGACGTTCCTTGCCGGGAACGGCGACTATGTGAAGGGCGTGGTGGGGCTGGCCAAGGGCCTCAGGAAGGTTAACACCATCTACCCCCTCGTCGTGGCCGTGCTCCCCGACGTCCCCGCCGACCACCGCCGCATACTGGTGGACCAAGGCTGCATCGTCCGTGAGATCGAGCCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778832.1
MAPEIMNRPLNRGASGLAKAGSLPSRAYVTFLAGNGDYVKGVVGLAKGLRKVNTIYPLVVAVLPDVPADHRRILVDQGCIVREIEPVYPPENQTQFAMAYYVINYSKLRIWEFVEYSKMIYLDGDIQVFENIDHLFDMDNGYFYAVMDCFCEKTWSHTPQFQIGYCQQSPDRARWPESLGPKPPKYFNAGMFVYEPSLPTYHDLLQTLKITPATPFAEQDFLNMFFRDVYRPIPNVYNLVLAMLWRHPENVRLAEVKVVH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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