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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002966

染色体: Chr08 坐标: 29677410-29682135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002966
名称SmilChr08G002966
描述dol-P-Glc:Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-glucosyltransferase
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向29677410 - 29682135 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997564
GeneID130997564
locus_tag-
NCBI NameLOC130997564
原始查询SmilChr08G002966

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dol-P-Glc:Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-glucosyltransferase
产物dol-P-Glc:Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1%2C2-glucosyltransferase
ArabidopsisAT5G02410 (ALG10)
DIE2/ALG10 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831764]
identity=53.3; qcov=1.02; evalue=8.3e-167; confidence=high
RiceOs04g0503700
-
identity=48.7; qcov=1; evalue=6.42e-142; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0006488 (dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process); GO:0106073 (dolichyl pyrophosphate Glc2Man9GlcNAc2 alpha-1,2-glucosyltransferase activity)
KEGGsmil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04922 (DIE2_ALG10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057778911.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057778911.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778911.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778911.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778911.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:29677918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B8,D4
Chr8:29678232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr8:29678302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr8:29679468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:29679593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,A25,B37
Chr8:29681715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778911.1
509 aa
N
1
254
509
DIE2_ALG10
C
PF04922 DIE2_ALG10 25-462 aa
XP_057778912.1
432 aa
N
1
216
432
DIE2_ALG10
C
PF04922 DIE2_ALG10 5-385 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778911.1 Pfam PF04922 DIE2_ALG10 Family 25 462 1.7e-125 420.1 DIE2/ALG10 family
XP_057778912.1 Pfam PF04922 DIE2_ALG10 Family 5 385 8.9e-98 328.8 DIE2/ALG10 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093123.1
CCGCAAGTCTTAAACCCCTTTCTGCTTACAGCGTGGAGTGTCTCCTTCTTCCCCTCCTTTGTCGCTCCTTTTTCAGCAAATCGGAAAACTTTATCCACTATGGGTAGAACCGCAGTTGCATTGGTCGTAACTCTATGGATAGTTCCTCTTTATATTATCGTCAATCGTTTTGTTCCGGACGCATACATGGACGAGATATTCCACTTACCGCAAGCGCAACAGTACTGTCGAGGCAATTTCAGAAGTTGGGATCCCATGAT...
XM_057922928.1
GCCTTTTTTAATTATGTCCGCAAGTCTTAAACCCCTTTCTGCTTACAGCGTGGAGTGTCTCCTTCTTCCCCTCCTTTGTCGCTCCTTTTTCAGCAAATCGGAAAACTTTATCCACTATGGGTAGAACCGCAGTTGCATTGGTCGTAACTCTATGGATAGTTCCTCTTTATATTATCGTCAATCGTTTTGTTCCGGACGCATACATGGACGAGATATTCCACTTACCGCAAGCGCAACAGTACTGTCGAGGCAATTTCAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997564
ATGGGTAGAACCGCAGTTGCATTGGTCGTAACTCTATGGATAGTTCCTCTTTATATTATCGTCAATCGTTTTGTTCCGGACGCATACATGGACGAGATATTCCACTTACCGCAAGCGCAACAGTACTGTCGAGGCAATTTCAGAAGTTGGGATCCCATGATCACCACGCCTCCTGGACTGTACTTTCTTTCACTTGCCTATGTTGCTTCTTTGTTTCCAGGATTGTTCTGCATGCGAGCAATGTCATCATTTTCAGACTC...
LOC130997564
ATGCGAGCAATGTCATCATTTTCAGACTCATGCTCGACTTCAATTCTTCGACTAACCAATGGTGTTCTGGCAGTAGTATGTAGCATTCTTGTATATGAGATAATAATTCATCTGAGACCATCTCTTGATGACAAGAAAGCAACATTTCGTGCTGTGGTTTTGTCATTGTATCCATTGCACTGGTTCTTCTCCTTTCTATACTATACAGACGTGGCATCTCTAACTGCAGTACTTGCCATGTATCTTTTAGTTTTGAAGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778911.1
MGRTAVALVVTLWIVPLYIIVNRFVPDAYMDEIFHLPQAQQYCRGNFRSWDPMITTPPGLYFLSLAYVASLFPGLFCMRAMSSFSDSCSTSILRLTNGVLAVVCSILVYEIIIHLRPSLDDKKATFRAVVLSLYPLHWFFSFLYYTDVASLTAVLAMYLLVLKKKYIFSSLLGTVSVLIRQTNIIWLLFVACTGVIEFAQSHLKDRGEIDNVSTPKENDGLSANHKGASAISKLRKRRVNSGAKNQKKLAVETSNPMVHS...
XP_057778912.1
MRAMSSFSDSCSTSILRLTNGVLAVVCSILVYEIIIHLRPSLDDKKATFRAVVLSLYPLHWFFSFLYYTDVASLTAVLAMYLLVLKKKYIFSSLLGTVSVLIRQTNIIWLLFVACTGVIEFAQSHLKDRGEIDNVSTPKENDGLSANHKGASAISKLRKRRVNSGAKNQKKLAVETSNPMVHSSGFLEEIYSIVIISWNHFWQLLVLLSPFLMVFAAFVAFVCWNGSIVLGAKDAHAVSPHFSQFLYYGVVSSLFTFPAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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