当前解析结果
SmilChr08G002966| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002966 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002966 |
| 描述 | dol-P-Glc:Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-glucosyltransferase |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 29677410 - 29682135 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997564 |
|---|---|
| GeneID | 130997564 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997564 |
| 原始查询 | SmilChr08G002966 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dol-P-Glc:Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-glucosyltransferase |
| 产物 | dol-P-Glc:Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1%2C2-glucosyltransferase |
| Arabidopsis | AT5G02410 (ALG10)DIE2/ALG10 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831764] identity=53.3; qcov=1.02; evalue=8.3e-167; confidence=high |
| Rice | Os04g0503700- identity=48.7; qcov=1; evalue=6.42e-142; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006487 (protein N-linked glycosylation); GO:0006488 (dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process); GO:0106073 (dolichyl pyrophosphate Glc2Man9GlcNAc2 alpha-1,2-glucosyltransferase activity) |
| KEGG | smil00510 (N-Glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04922 (DIE2_ALG10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997564 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057778911.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057778911.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057778911.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057778911.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057778911.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:29677918 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B8,D4 |
Chr8:29678232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr8:29678302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr8:29679468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr8:29679593 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,A25,B37 |
Chr8:29681715 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,C8,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778911.1PF04922
DIE2_ALG10 25-462 aa
XP_057778912.1PF04922
DIE2_ALG10 5-385 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778911.1 |
Pfam | PF04922 |
DIE2_ALG10 | Family | 25 | 462 | 1.7e-125 | 420.1 | DIE2/ALG10 family |
XP_057778912.1 |
Pfam | PF04922 |
DIE2_ALG10 | Family | 5 | 385 | 8.9e-98 | 328.8 | DIE2/ALG10 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。