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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003149`

染色体: Chr08 坐标: 31902988-31906303 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003149`
名称	SmilChr08G003149
描述	phenylalanine ammonia-lyase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31902988 - 31906303 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997735`
GeneID	`130997735`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997735`
原始查询	`SmilChr08G003149`

查看完整 ID 对照表

文献序列与新 ID 证据

这些记录来自论文中明确给出的 accession，并通过序列比对映射到当前参考版本。网站定位属于计算预测；论文中的实验定位和互作单独列出。

论文基因名	Accession	当前 ID	比对	置信度	来源
`SmPAL1` P012; 2008	`CV166981`	`LOC130997735` `SmilChr08G003149` GeneID 130997735	nucleotide; identity 100.0%; coverage 84.77%	High-confidence sequence match	DOI

打开完整文献证据

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phenylalanine ammonia-lyase-like
产物	phenylalanine ammonia-lyase-like
Arabidopsis	`AT2G37040` (PAL1) PHE ammonia lyase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818280] identity=81.2; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0518400` (OsPAL07) - identity=75.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006559 (L-phenylalanine catabolic process); GO:0016841 (ammonia-lyase activity)
KEGG	smil00360 (Phenylalanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00221 (Lyase_aromatic)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997735

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亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779127.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779127.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779127.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779127.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779127.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31903257`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B76,C55
`Chr8:31903587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A15,B33
`Chr8:31903609`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr8:31903609`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr8:31903611`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779127.1

711 aa

356

711

Lyase_aromatic

PF00221 Lyase_aromatic 58-537 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779127.1`	Pfam	`PF00221`	Lyase_aromatic	Family	58	537	4.1e-153	511.1	Aromatic amino acid lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923144.1
GAAAACTGGGTCTAACTAATTTCCCCAACTTGGTAATCCCATTTTCCCACCAACCACCGCAACCTTTGGGACAAGAAAATAGGGAAAAAAGAAAAATAAAAAATTGGTCGTCAGCCACATCTGGCGAATTGGCGCCGTCGATGAGATCCAATCAACGGCCCACAGCGATCCTCAACAAACCCCCCCTCACATTGACCTGTCTGCAGCCCCGCGCTGCTCACCTACCAAAATCTAAACATAACATGTCACACACCTCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997735
ATGGCGGCGGAGAACGGTCATCACGAGGAGTCCAACGGCTTCTGCGTCAAGCAGAACGATCCCTTGAACTGGGTGGCGGCGGCGGAGTCGCTCAAGGGGAGCCACCTCGACGAGGTTAAGCGGATGGTGGAGGAGTTCAGGAAGCCGGTGGTCAAGCTCGGCGGGGAGACGCTCACCATATCTCAGGTGGCGGCGATCGCGGCCAAGGATAATGCGGTGGCGGTGGAGCTGGCCGAGTCGTCCAGGGCCGGCGTCAAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779127.1
MAAENGHHEESNGFCVKQNDPLNWVAAAESLKGSHLDEVKRMVEEFRKPVVKLGGETLTISQVAAIAAKDNAVAVELAESSRAGVKASSDWVMESMSKGTDSYGVTTGFGATSHRRTKQGGALQKELIRFLNAGIFGNGTESNHTLPHTATRAAMLVRINTLLQGYSGIRFEILEAITKFLNENITPCLPLRGTITASGDLVPLSYIAGLLTGRPNSKAVGPYGEPLNAEEAFKLAGVKGGFFELQPKEGLALVNGTAVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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