当前解析结果
SmilChr08G003225| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003225 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003225 |
| 描述 | ABC transporter B family member 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 33114030 - 33119628 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997799 |
|---|---|
| GeneID | 130997799 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997799 |
| 原始查询 | SmilChr08G003225 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ABC transporter B family member 1 |
| 产物 | ABC transporter B family member 1 |
| Arabidopsis | AT2G36910 (ABCB1)ATP binding cassette subfamily B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818265] identity=85.41; qcov=0.943; evalue=0.0; confidence=high |
| Rice | Os08g0564300 (OsABCB22)- identity=77.12; qcov=0.932; evalue=0.0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity) |
| KEGG | smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997799 |
特征证据限制：抽查两个保留的历史缓存共 206 行，PROFEAT 特征全部为零；第二块缓存为 106 行，比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实，不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测，也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选，特征完整性与预测可靠性尚未建立。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057779212.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057779212.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057779212.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:33114732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C82 |
Chr8:33114786 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B29,B87,C42 |
Chr8:33114858 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B7,C33 |
Chr8:33114876 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B107,C14 |
Chr8:33114911 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B61 |
Chr8:33114945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:33115002 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr8:33115032 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr8:33115053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr8:33115098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr8:33115937 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C82 |
Chr8:33116011 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779212.1PF00664
ABC_membrane 100-372 aa
PF00005
ABC_tran 441-590 aa
PF00664
ABC_membrane 760-1026 aa
PF00005
ABC_tran 1098-1246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779212.1 |
Pfam | PF00664 |
ABC_membrane | Family | 100 | 372 | 1.6e-107 | 360.0 | ABC transporter transmembrane region |
XP_057779212.1 |
Pfam | PF00005 |
ABC_tran | Domain | 441 | 590 | 8.8e-71 | 237.6 | ABC transporter |
XP_057779212.1 |
Pfam | PF00664 |
ABC_membrane | Family | 760 | 1026 | 1.6e-107 | 360.0 | ABC transporter transmembrane region |
XP_057779212.1 |
Pfam | PF00005 |
ABC_tran | Domain | 1098 | 1246 | 8.8e-71 | 237.6 | ABC transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。