Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003285`

染色体: Chr08 坐标: 33984233-33990381 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G003285`
名称	SmilChr08G003285
描述	uncharacterized SmilChr08G003285
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	33984233 - 33990381 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997849`
GeneID	`130997849`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130997849`
原始查询	`SmilChr08G003285`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821708]; symbol=AT3G21540; hit=AT3G21540; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821708]; symbol=AT3G21540; hit=AT3G21540; species=arabidopsis; confidence=high
拟南芥	`AT3G21540` (AT3G21540) transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821708] identity=66.81; qcov=0.972; evalue=0.0; confidence=high
水稻	`Os03g0151700` (OsWD40-63) - identity=60.74; qcov=0.976; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0030490 (maturation of SSU-rRNA); GO:0030515 (snoRNA binding); GO:0032040 (small-subunit processome); GO:0034388 (Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40); PF04003 (Utp12); PF25172 (Beta-prop_WDR3_2nd); PF25173 (Beta-prop_WDR3_1st)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997849

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞核	1.00000	`SmilChr08G003285.1`
2	核仁	1.00000	`SmilChr08G003285.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:33984541`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B101
`Chr8:33984541`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B101
`Chr8:33984545`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B2,C16,C23,C85
`Chr8:33985981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B78
`Chr8:33986005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr8:33986135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:33986187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C71
`Chr8:33986324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B30,B90,B92,C39
`Chr8:33986383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr8:33986738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:33987962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:33988344`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	115	A1,A10,A11,A16,A18,A19,A20,A22,A24,A3,B10,B101,B104,B106,B110,B112,B113,B117,B12,B121,B122,B123,B125,B127,B128,B13,B130,B134,B137,B14,B140,B16,B17,B20,B22,B24,B29,B3,B30,B33,B34,B37,B38,B39,B4,B45,B46,B48,B49,B51,B53,B54,B57,B58,B6,B62,B64,B68,B7,B71,B72,B74,B77,B78,B79,B87,B90,B92,B93,B94,B97,B99,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C21,C24,C26,C28,C29,C32,C33,C36,C38,C39,C4,C42,C44,C46,C5,C52,C58,C59,C65,C68,C69,C70,C73,C74,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C87,C9,D10,D5,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G003285.1

来源蛋白: XP_057779260.1

945 aa

472

945

Beta-prop_WDR3_1st

WD40

Beta-prop_WDR3_2nd

WD40

Utp12

PF25173 Beta-prop_WDR3_1st 32-221 aa PF00400 WD40 60-94 aa PF00400 WD40 98-136 aa PF00400 WD40 144-178 aa PF00400 WD40 183-219 aa PF00400 WD40 400-432 aa PF25172 Beta-prop_WDR3_2nd 408-696 aa PF00400 WD40 476-511 aa PF00400 WD40 573-606 aa PF00400 WD40 611-649 aa PF00400 WD40 654-691 aa PF04003 Utp12 792-894 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	Repeat	32	221	8.1e-117	388.2	WDR3 first beta-propeller domain
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	60	94	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	98	136	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	144	178	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	183	219	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	400	432	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	Repeat	408	696	5.9e-156	518.8	WDR3 second beta-propeller domain
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	476	511	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	573	606	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	611	649	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	654	691	6.6e-71	232.5	WD domain, G-beta repeat
`SmilChr08G003285.1` XP_057779260.1	Pfam	`PF04003`	Utp12	Family	792	894	2.1e-21	76.7	Dip2/Utp12 Family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923277.1
GAGGGAAAAAGTTAAATTCACAATCTTAAACCCTAAACCCACAAACCTAAATATTCGATTTTTCCAGTTAAACCCAACTTCTACGCCACCACCGGCCGGGAAGGAGTAAGAAGCGATGGTTAAGGCATACCTGAGATACGAGCCGGCGGCAGTGTTCGGCGTGATCGTATCTGTTGATTGTAACATAACGTACGACAGCTCCGGCAAACACCTTTTGGCGGCGGGGTTAGAGAAGCTCGGTGTGTGGCACGTTCGCAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G003285.1 (XP_057779260.1)
ATGGTTAAGGCATACCTGAGATACGAGCCGGCGGCAGTGTTCGGCGTGATCGTATCTGTTGATTGTAACATAACGTACGACAGCTCCGGCAAACACCTTTTGGCGGCGGGGTTAGAGAAGCTCGGTGTGTGGCACGTTCGCAAGGGAATCTGCACCAAAGCCCTAGCGCCGTCACCTACATCCACGTCTCGCGGCCCCAAGCTCGCCGTCACCGCCATCGCTGCTTCTCAGTCTTCCTTGATTGCAGGTGGCTATGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G003285.1 (XP_057779260.1)
MVKAYLRYEPAAVFGVIVSVDCNITYDSSGKHLLAAGLEKLGVWHVRKGICTKALAPSPTSTSRGPKLAVTAIAASQSSLIAGGYADGTVRIWDSEKGTCETTLNGHRSPVTILRYNKLGSLLASGSKDCDIILWDVIGEAGLFRLRGHRDQVTDLVFLDSSKKLVSSSKDKFLRVWDLETQHCVQIVSGHHSEIWSIDVDPDERYLVSGSGDSELRFYSIKNDSADGKTEPEKIAFDVENGNAPARNKWEVLKHFGDIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器