Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003365`

染色体: Chr08 坐标: 35216458-35219685 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003365`
名称	SmilChr08G003365
描述	glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	35216458 - 35219685 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997922`
GeneID	`130997922`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997922`
原始查询	`SmilChr08G003365`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9-like
产物	glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9-like
Arabidopsis	`AT5G03760` (ATCSLA09) Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831734] identity=71.9; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0625700` (OsCslA9) - identity=69.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0051753 (mannan synthase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00535 (Glycos_transf_2); PF13506 (Glyco_transf_21); PF13632 (Glyco_trans_2_3); PF13641 (Glyco_tranf_2_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057779332.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057779332.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057779332.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057779332.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779332.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:35217148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B69,C3,C64,C66
`Chr8:35217200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:35217546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:35217584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:35218369`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C29
`Chr8:35218369`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C29
`Chr8:35218376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:35219160`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:35219499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779332.1

537 aa

268

537

Glyco_tranf_2_3

Glycos_transf_2

Glyco_transf_21

Glyco_trans_2_3

PF13641 Glyco_tranf_2_3 94-327 aa PF00535 Glycos_transf_2 97-224 aa PF13506 Glyco_transf_21 128-365 aa PF13632 Glyco_trans_2_3 185-379 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779332.1`	Pfam	`PF13641`	Glyco_tranf_2_3	Domain	94	327	3e-16	60.6	Glycosyltransferase like family 2
`XP_057779332.1`	Pfam	`PF00535`	Glycos_transf_2	Domain	97	224	4.3e-09	37.2	Glycosyl transferase family 2
`XP_057779332.1`	Pfam	`PF13506`	Glyco_transf_21	Domain	128	365	1.7e-08	34.4	Glycosyl transferase family 21
`XP_057779332.1`	Pfam	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	Domain	185	379	3.4e-21	76.7	Glycosyl transferase family group 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923349.1
AAGATTATCCTTCGCCCTTCCTCCTCACTACTTCAAATCTCCCTCTCCTTGTCTCTCCTCATTTGCTCTGTTTAAGTTCTCTCATTCTCCATTACTTTTCCCATCGTTGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGTATGTGTGTCAGTGTGTGTCGTCCTACTTGTTAATTTGTATCGAGTGTTTCCATGTTTAAGTCAAACTAACGAGTTGCATACTTGAAATTTTTTTTTATTGGCGAAGGAGGCTGACTTTTGATATGGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997922
ATGGAGTGGGTGTGGAGGGTGATGCCCGCCACGATTTCCGGCGCGGAAGAGCAATTGATGCTAGTGTTGGGGCAGGTGAAGCCCTTACTCATAGTCGTGCCGCTGCTGGACATCTCCATGACTATCTGCTTGATAATGTCAGTCATGTTGTTCGTGGAACGAGTGTACATGGCCGTCGTTATCAGCGGCGTCAAAATGTTGGGCAGGAAACCCCATACACGATACAAATGCGACGCCTTGGAAGAAGATTTGGAGCAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779332.1
MEWVWRVMPATISGAEEQLMLVLGQVKPLLIVVPLLDISMTICLIMSVMLFVERVYMAVVISGVKMLGRKPHTRYKCDALEEDLEQGNLAYPMVLVQIPMFNEREVYQLSIGAACGLSWPSDRFIVQVLDDSTDPAIKTMVETECQRWASKGVNIKYEIRDNRNGYKAGALKEGLKRSYVKECDHVAIFDADFQPEPDFLRRTIPFLVHNPQIGLVQARWKFVNANECLMTRIQEMSLNYHFTVEQEVGSSTYAFFGFNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器