当前解析结果
SmilChr08G003565| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003565 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003565 |
| 描述 | beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 38340501 - 38342539 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996677 |
|---|---|
| GeneID | 130996677 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996677 |
| 原始查询 | SmilChr08G003565 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme 1-like |
| 产物 | beta-fructofuranosidase%2C insoluble isoenzyme 1-like |
| Arabidopsis | AT2G36190 (cwINV4)cell wall invertase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818191] identity=65.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0413200 (OSINV4)- identity=57.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | smil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00251 (Glyco_hydro_32N); PF08244 (Glyco_hydro_32C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996677 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057777959.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057777959.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777959.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777959.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777959.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:38340733 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr8:38341290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr8:38341931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr8:38341953 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr8:38342106 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr8:38342307 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777959.1PF00251
Glyco_hydro_32N 1-304 aa
PF08244
Glyco_hydro_32C 307-511 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777959.1 |
Pfam | PF00251 |
Glyco_hydro_32N | Repeat | 1 | 304 | 1.3e-92 | 311.4 | Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain |
XP_057777959.1 |
Pfam | PF08244 |
Glyco_hydro_32C | Domain | 307 | 511 | 3.4e-23 | 83.2 | Glycosyl hydrolases family 32 C terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。