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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003586`

染色体: Chr08 坐标: 38633614-38649024 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003586`
名称	SmilChr08G003586
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	38633614 - 38649024 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996691`
GeneID	`130996691`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996691`
原始查询	`SmilChr08G003586`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 2-like
产物	transcription initiation factor TFIID subunit 2-like
Arabidopsis	`AT1G73960` (TAF2) TBP-associated factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843733] identity=54.1; qcov=0.898; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0410300` (qCTS-9) - identity=62.8; qcov=0.596; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0005669 (transcription factor TFIID complex); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter); GO:0008237 (metallopeptidase activity); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016251 (RNA polymerase II general transcription initiation factor activity)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01433 (Peptidase_M1); PF25316 (TAF2_3rd); PF25577 (TPR_TAF2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996691

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057777972.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057777972.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057777972.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777972.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777972.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:38646290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:38647447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr8:38647494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B8,C51,C57
`Chr8:38647769`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:38647844`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:38648195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:38648216`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B139,B36,C75
`Chr8:38648322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:38648669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B95
`Chr8:38648669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr8:38648829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777972.1

1514 aa

757

1514

Peptidase_M1

TAF2_3rd

TPR_TAF2_C

PF01433 Peptidase_M1 292-479 aa PF25316 TAF2_3rd 514-661 aa PF25577 TPR_TAF2_C 664-988 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777972.1`	Pfam	`PF01433`	Peptidase_M1	Domain	292	479	4.6e-14	53.3	Peptidase family M1 domain
`XP_057777972.1`	Pfam	`PF25316`	TAF2_3rd	Domain	514	661	1.2e-39	136.1	TAF2 Ig-like domain
`XP_057777972.1`	Pfam	`PF25577`	TPR_TAF2_C	Repeat	664	988	3.1e-38	132.2	TAF2-like, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921989.1
CTTTTTTATCTCGTGCGAAAATCCCATCCATTTGACCTTCTGCTTATTTATACTCCTACTCCCGCGACGTATCAGATACTCAATCACCCCGCAATCTCTTGCTCCGTGCCCTAGCAGATTCTACCCCTTTTTTTTACTAACAATTTTAACTCGTGAATTCAACGCCATAACTAATCGAAACTGCTTCCTCAATTTCGAATTCACTAACTTATTGGAGAAAATCGAAAGAAAAAGAGGGAATAGGAGGCTTCGCCAGCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996691
ATGGCGAAGGCTAAAAAGGCAAAGAATGAAGAGCAGAGAGATGGAGATAATAGTAATTCAGAGGCAGTTGTCAAGCATCAGAAACTCTGTCTGTCCATTGACATGGACCGCCGCCGAATCTATGGGTACACAGAACTGCAAATAGCTATACCGGACAATGGAATAGTGGGTTTGCATGCAGATAATTTGGAAATTGAAAATGTTACGGTTGAAGGAGAGCCAGCAATGTTTGAAGTCTTCCCTCACTATCAGCATCTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777972.1
MAKAKKAKNEEQRDGDNSNSEAVVKHQKLCLSIDMDRRRIYGYTELQIAIPDNGIVGLHADNLEIENVTVEGEPAMFEVFPHYQHLDPKDRWSVVSSATSAADASGSVYLSSLEIELLPNLLIMCSKTTKMDDNQEEYMQVDNGEPALADANRPVQNVKLVRIEYWVEKAETGVHFNGNVLHTDNQLRRARCWFPCLDDSVQCCCYDLEFTVASDLVAVSSGTLLHQVLTKDDPPQKTYVYKLDVPVAAQWISLAVAPFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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