Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003869`

染色体: Chr08 坐标: 45780667-45784276 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003869`
名称	SmilChr08G003869
描述	phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	45780667 - 45784276 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996773`
GeneID	`130996773`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996773`
原始查询	`SmilChr08G003869`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 2-like
产物	phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 2-like
Arabidopsis	`AT2G37940` (AtIPCS2) Inositol phosphorylceramide synthase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818371] identity=75.2; qcov=0.997; evalue=5.03e-180; confidence=high
Rice	`Os01g0850100` (ERH1) - identity=66.8; qcov=1.04; evalue=1.62e-162; confidence=high
GO	GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0033188 (sphingomyelin synthase activity); GO:0045140 (inositol phosphoceramide synthase activity); GO:0046513 (ceramide biosynthetic process); GO:0047493 (ceramide cholinephosphotransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF14360 (PAP2_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996773

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057778057.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057778057.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057778057.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778057.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778057.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:45782335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:45782670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,D11
`Chr8:45783578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,D11
`Chr8:45783750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr8:45783787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr8:45783908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,D11
`Chr8:45783934`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B134,B22,C79
`Chr8:45783934`	`TCG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B134,B22,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778057.1

311 aa

156

311

PAP2_C

PF14360 PAP2_C 171-239 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778057.1`	Pfam	`PF14360`	PAP2_C	Domain	171	239	5.9e-22	78.7	PAP2 superfamily C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922074.1
TGATTGATTAATTTGGTGTAAAAGAAAAAGGGAAAATATTTTGATTTTGTGCATATCTATGTGAAATTGAATACTTATTTGGCCCACTATTATGAATATTTGGCCACATTCTTTTATTTATGCAGCTTCCCCCCTCCCTTCTCAACTGACTCTCCGTGTTCCACTCGCGTTTATAGCAGACATACGAGACAAATCAAAACGAAGCAGCAACTTGTTTAAATCTAGTGAGAGAGAGAGAGATCAAAATTTATACCAACACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996773
ATGTCGTTTTACATTGGTCGCGAGGCTTCAAAGTTATGGAAGAGATTTTGTGCGGAGATTACAACAGAGCTCAACCTTCTTGCGGAAAATTGGAAGTATATTTTAGGCGGCATCGTTTGTCAGTACATCCACGGACTAGCAGCGCGAGGGATTCATTATTTTCATCGGCCGGGACCAACACTTCAGGATGTCGGCTTCTTTCTTCTTCCGGAACTTGGCCAAGAAAGAGCTTACATTAGCGAAACAGTGTTCACCTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778057.1
MSFYIGREASKLWKRFCAEITTELNLLAENWKYILGGIVCQYIHGLAARGIHYFHRPGPTLQDVGFFLLPELGQERAYISETVFTFVFLSFVLWTFHPFIVKTKKIYTVLIWCRVLAFLVACQFLRIITFYSTQLPGPNYHCREGSKLATLPPPNNVLEALLIVPRGVLYGCGDLIFSSHMIFSLVFVRTYHKYGTRSFVKQLAWLIVVIQSLLIVASRKHYTVDVVVAWYTVNLVVFFLDKKLPELPDRSSASAALFLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器