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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004213

染色体: Chr08 坐标: 51512838-51514396 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004213
名称SmilChr08G004213
描述wall-associated receptor kinase-like 10
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向51512838 - 51514396 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998944
GeneID130998944
locus_tag-
NCBI NameLOC130998944
原始查询SmilChr08G004213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 10
产物wall-associated receptor kinase-like 10
ArabidopsisAT1G69730 (AT1G69730)
Wall-associated kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843309]
identity=52; qcov=0.911; evalue=1.26e-147; confidence=high
RiceOs04g0366000
-
identity=47.9; qcov=0.947; evalue=5.38e-122; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780366.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780366.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780366.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780366.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780366.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:51512953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:51512954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B49,C32,C68
Chr8:51512962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C43,D5
Chr8:51513019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C48,C81
Chr8:51513051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B19,B22,C9
Chr8:51513068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B19,B22,C83,C9
Chr8:51513253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C43,D5
Chr8:51513290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr8:51513294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:51513295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:51513314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C48,C81
Chr8:51513338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B66,B79,B8,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780366.1
450 aa
N
1
225
450
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 133-398 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 137-401 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780366.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 133 398 1.1e-42 146.9 Protein kinase domain
XP_057780366.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 137 401 4.9e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924383.1
GAATCTGCGCGGGGTTGCGTGCGAGAATCGAAGCGTGGAGGCGCACCGTTCGATGATAATCTGTTCGAATTCAACATGAGTAGGTGTCGCTGTCGAGAGGGGTTTGAGGGGAATCCGTATCTGTCGTGTGTGGACATTGATGAATGCAAGAACTCGAGTTTGAACAACGTGTGTGGATTTGGGAGTGATTGTGTCAACACAGAAGGGGGTTTCGTGTGCAAGAATCGAAGCAATGGCAGCCACATGAAATCTATGATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998944
ATGAGTAGGTGTCGCTGTCGAGAGGGGTTTGAGGGGAATCCGTATCTGTCGTGTGTGGACATTGATGAATGCAAGAACTCGAGTTTGAACAACGTGTGTGGATTTGGGAGTGATTGTGTCAACACAGAAGGGGGTTTCGTGTGCAAGAATCGAAGCAATGGCAGCCACATGAAATCTATGATCATCGGCTTCAGTAGTGCGTTGGGTGTTCTTCTTCTCTTGGGTGGTGTTTGGATATTGTTTAAATTCATCAAGAATCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780366.1
MSRCRCREGFEGNPYLSCVDIDECKNSSLNNVCGFGSDCVNTEGGFVCKNRSNGSHMKSMIIGFSSALGVLLLLGGVWILFKFIKNRIRANRRRTFFKRNGGLLLEERLSSAGAAERIKFFGPTELDRATDGYDDDRILGRGGQGTVYKGMLRDGRIVAVKRAKRIGEEEVFVNEVVIMSQINHRNVVALLGCCLETEAPLLVYEFVPNGTLSEHIHARDKDYFPLSWRMRVRIAAEVAGALAHLHYSSSVPIYHRDIKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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