当前解析结果
SmilChr08G004664| 统一基因 ID | SmilChr08G004664 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004664 |
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1B-14 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 56126910 - 56129537 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998768 |
|---|---|
| GeneID | 130998768 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130998768 |
| 原始查询 | SmilChr08G004664 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative late blight resistance protein homolog R1B-14 |
| 产物 | putative late blight resistance protein homolog R1B-14 |
| 拟南芥 | AT3G46530 (RPP13)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=31.03; qcov=0.728; evalue=5.59e-64; confidence=low |
| 水稻 | Os07g0186500- identity=28.41; qcov=0.858; evalue=2.19e-74; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998768 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞膜 | 0.60000 | SmilChr08G004664.1 |
| 2 | 细胞质基质 | 0.40000 | SmilChr08G004664.1 |
| 3 | 细胞质 | 0.20000 | SmilChr08G004664.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:56126913 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B31,B71,C25,C62 |
Chr8:56127028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C18 |
Chr8:56127071 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B17,C8 |
Chr8:56127081 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B12,B129,B135,B29,C14,C69 |
Chr8:56127090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B2 |
Chr8:56127203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,C1,D1 |
Chr8:56127205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C23,C79,D8 |
Chr8:56127254 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B40 |
Chr8:56127256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:56127257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:56127294 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C11,C69 |
Chr8:56127294 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G004664.1PF00931
NB-ARC 145-315 aa
PF23559
WHD_DRP 398-468 aa
PF23598
LRR_14 574-818 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004664.1XP_057780157.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 145 | 315 | 3e-47 | 161.1 | NB-ARC domain |
SmilChr08G004664.1XP_057780157.1 |
Pfam | PF23559 |
WHD_DRP | Domain | 398 | 468 | 2e-19 | 70.1 | Disease resistance protein Winged helix domain |
SmilChr08G004664.1XP_057780157.1 |
Pfam | PF23598 |
LRR_14 | Repeat | 574 | 818 | 6e-12 | 45.7 | Leucine-rich repeat region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。