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同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004718

染色体: Chr08 坐标: 56617377-56620534 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004718
名称SmilChr08G004718
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56617377 - 56620534 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998787
GeneID130998787
locus_tag-
NCBI 名称LOC130998787
原始查询SmilChr08G004718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
拟南芥AT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=37.5; qcov=0.901; evalue=3.14e-102; confidence=medium
水稻Os10g0497300 (PPR794)
-
identity=32.87; qcov=0.901; evalue=2.22e-80; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998787

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 线粒体 0.80000 XP_057780177.1
2 过氧化物酶体 0.20000 XP_057780177.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56617382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B123,B99,C67,C87
Chr8:56617693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:56617704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr8:56617777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr8:56617791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C82
Chr8:56617820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,C29
Chr8:56617846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr8:56617870 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C65
Chr8:56617870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:56617925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B19,B37,B85,C85
Chr8:56617938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr8:56617961 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B124,B22,C39,C47,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780177.1
444 aa
N
1
222
444
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
TPR_24
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_2
PPR
C
PF12854 PPR_1 19-39 aa PF13041 PPR_2 21-72 aa PF01535 PPR 24-50 aa PF12854 PPR_1 55-84 aa PF13812 PPR_3 55-103 aa PF13041 PPR_2 58-107 aa PF23276 TPR_24 60-149 aa PF01535 PPR 62-91 aa PF12854 PPR_1 89-121 aa PF13041 PPR_2 93-142 aa PF01535 PPR 96-124 aa PF13812 PPR_3 117-174 aa PF12854 PPR_1 126-157 aa PF01535 PPR 132-159 aa PF23276 TPR_24 149-261 aa PF13812 PPR_3 155-210 aa PF12854 PPR_1 161-188 aa PF13041 PPR_2 163-212 aa PF01535 PPR 166-196 aa PF13812 PPR_3 186-244 aa PF12854 PPR_1 195-226 aa PF13041 PPR_2 198-246 aa PF01535 PPR 201-231 aa PF13041 PPR_2 233-282 aa PF01535 PPR 237-266 aa PF13812 PPR_3 257-313 aa PF12854 PPR_1 265-297 aa PF01535 PPR 272-299 aa PF13041 PPR_2 278-317 aa PF12854 PPR_1 299-330 aa PF13041 PPR_2 303-351 aa PF01535 PPR 306-336 aa PF23276 TPR_24 326-419 aa PF13812 PPR_3 327-381 aa PF12854 PPR_1 334-367 aa PF01535 PPR 341-371 aa PF13041 PPR_2 341-387 aa PF13041 PPR_2 373-418 aa PF01535 PPR 376-406 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 19 39 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 21 72 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 24 50 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 55 84 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 55 103 2.3e-51 172.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 58 107 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 60 149 3.3e-29 102.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 62 91 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 89 121 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 93 142 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 96 124 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 117 174 2.3e-51 172.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 126 157 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 132 159 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 149 261 3.3e-29 102.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780177.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 155 210 2.3e-51 172.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 161 188 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 163 212 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 166 196 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 186 244 2.3e-51 172.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 195 226 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 198 246 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 201 231 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 233 282 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 237 266 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 257 313 2.3e-51 172.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 265 297 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 272 299 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 278 317 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 299 330 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 303 351 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 306 336 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 326 419 3.3e-29 102.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057780177.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 327 381 2.3e-51 172.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780177.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 334 367 2.6e-115 376.5 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 341 371 1.1e-77 251.7 PPR repeat
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 341 387 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 373 418 4.4e-133 434.0 PPR repeat family
XP_057780177.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 376 406 1.1e-77 251.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924194.1
ATGCAGGAACAATTCCAATCCATAAAATATCTTTCATTGTCGGCCTACCAACTGTGCGAGCCCGATGAGTATACGTATAATACTATAATTAATGGGTTATGCAAAGCTGGAGATATTCTACAGGTAATTGATTTGCTCTGCTCATTGGAAAAAGGAAAAGGGAACTGCAAACCCGATGTCTATGCTTACAGCATAGTCATTGATAGTCAGTGCAAGGAAGGAAAGGTGGACGAAGCTCTCCAACTCTTTTCCACTTTGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057780177.1_46003
ATGCAGGAACAATTCCAATCCATAAAATATCTTTCATTGTCGGCCTACCAACTGTGCGAGCCCGATGAGTATACGTATAATACTATAATTAATGGGTTATGCAAAGCTGGAGATATTCTACAGGTAATTGATTTGCTCTGCTCATTGGAAAAAGGAAAAGGGAACTGCAAACCCGATGTCTATGCTTACAGCATAGTCATTGATAGTCAGTGCAAGGAAGGAAAGGTGGACGAAGCTCTCCAACTCTTTTCCACTTTGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780177.1
MQEQFQSIKYLSLSAYQLCEPDEYTYNTIINGLCKAGDILQVIDLLCSLEKGKGNCKPDVYAYSIVIDSQCKEGKVDEALQLFSTLGDKGISPNVVTYSSIIEGLCKLRRMDETQDILRKMIANKVYPNVWTCSIFVDAWCRDGMVEEAEHMLVSMKKIDVQPNIVIYNALIDGYCLQGKVDDAERIFQLAVNSGINPDIISYTSLMNGYCKIGRVNKVSRIFNEIRTEGLERDVICYGIMLEALFREGRCQDGLNLFKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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