当前解析结果
SmilChr08G004801| 统一基因 ID | SmilChr08G004801 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004801 |
| 描述 | putative disease resistance protein At1g50180 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 57328762 - 57330007 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998808 |
|---|---|
| GeneID | 130998808 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130998808 |
| 原始查询 | SmilChr08G004801 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative disease resistance protein At1g50180 |
| 产物 | putative disease resistance protein At1g50180 |
| 拟南芥 | AT3G46710 (AT3G46710)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823824] identity=32.59; qcov=1.0; evalue=2.55e-10; confidence=low |
| 水稻 | Os01g0350300- identity=32.71; qcov=0.815; evalue=1.74e-13; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response); GO:0043531 (ADP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998808 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质基质 | 0.40000 | SmilChr08G004801.1 |
| 2 | 内质网 | 0.40000 | SmilChr08G004801.1 |
| 3 | 细胞质 | 0.20000 | SmilChr08G004801.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:57328779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,D4 |
Chr8:57328790 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,B1,B23,C5,D1 |
Chr8:57328818 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B122,B16,C70 |
Chr8:57328818 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B122,B16,C70 |
Chr8:57328982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B57,B7 |
Chr8:57329074 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B26,B57,B91,C15,C61 |
Chr8:57329076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr8:57329083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B21,C26 |
Chr8:57329089 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B21,B25 |
Chr8:57329091 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B50,C33 |
Chr8:57329091 |
GCA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B50,C33 |
Chr8:57329095 |
G |
GTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B50,C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G004801.1PF00931
NB-ARC 23-106 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004801.1XP_057780197.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 23 | 106 | 3.1e-16 | 60.1 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。