定位特征证据

当前版本使用已核验的全长 PROFEAT 与 ESM2 特征;10 类主定位分数已进行跨物种参考概率校准。

查看当前全量验收与模型记录

方法与复现材料

门户修正版与参考数据版本分别记录。定位记录数按当前库统计;PPI 的有向本地记录与去重无向边不能相加比较。处理后 EMS 数据的构建脚本、编码、方法元数据、表型与 PC 输入,以及本轮修正来源提供下载;它们不能代替尚待提交的原始测序档案。

下载方法与复现材料

外部原始数据 accession、历史 LocPro 权重版本与身份待核实的文献基因原始序列仍待补充;不提供推测编号。

资源与版本说明

本页区分当前网站已提供的处理数据、页面可下载的数据,以及仍需作者完成外部存储库提交的数据。每一类证据均应按其来源和方法边界使用。

Red Sage Omics · Salvia miltiorrhiza

当前公开版本

Portal revision continuous_repair_20261008_165818_r68 · Data nuclear_20260923 · GCF_028751815.1 Chr01–Chr08
本次修正覆盖率定义、文献名称证据等级、全量筛选下载、定位得分说明与版本计数。参考数据范围仍为 8 条核染色体;公开文献名称仅保留有 accession 与序列比对支持的记录。

打开功能检索 下载中心

已上线数据规模

38157基因模型
46325蛋白序列
527519通用可检索别名
38157功能注释记录
14表达研究
139表达样品
768225EMS 变异位点
260EMS 材料

数据可用性

资源当前状态网站提供形式使用边界
参考基因组、GFF 与序列可下载FASTA / GFF / ID map以当前网站参考版本为准。
统一 ID 与文献基因名映射可查询Gene Card · 功能检索仅收录人工核对条目;低置信度条目明确标为候选映射。
功能注释与跨物种同源可查询Annotation · 功能检索同源与功能描述用于注释支持,不替代物种内实验验证。
表达汇总与样品元数据可查询与结果下载Expression Atlas跨研究比较受原始实验设计、批次和归一化方式限制。
EMS 变异与聚合关联结果可查询与结果下载EMS Variants聚合关联用于候选优先级排序,仍需独立遗传和实验验证。
原始测序数据外部存储库提交待作者提交提交后将在此页补充 accession 与引用信息。当前不将站内处理数据等同于可复核的原始数据存储库。

专题注释与当前限制

丹参酮和酚酸相关的人工核验文献基因已整理为可检索专题页,保留统一新 ID、映射置信度、文献编号和功能摘要。该专题用于展示目前可追溯的高价值候选,而不是宣称已覆盖全部次生代谢通路。

KEGG 注释覆盖受数据库来源和跨物种注释限制。未注释到 KEGG 的基因不应被解释为与通路无关;后续版本将持续补充丹参酮和酚酸生物合成的专题注释与可追溯文献证据。

打开次生代谢专题

方法与解释

预测类结果

亚细胞定位、TF 结合位点和互作网络均作为计算或同源证据展示,应与实验结果区分。

EMS 关联

稀有 EMS 变异按基因、启动子或窗口聚合,通过置换评估候选信号;网页结果不是因果位点的最终证明。

引用与复用

请在使用页面结果时同时注明本网站版本、查询日期、原始研究或数据库来源,以及具体模块的方法边界。