当前解析结果
SmilChr05G000108| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000108 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000108 |
| 描述 | agglutinin-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 705799 - 706835 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130984917 |
|---|---|
| GeneID | 130984917 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130984917 |
| 原始查询 | LOC130984917 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | agglutinin-2-like |
| 产物 | agglutinin-2-like |
| Arabidopsis | AT5G10530 (AT5G10530)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830918] identity=29.4; qcov=1; evalue=4.35e-18; confidence=low |
| Rice | Os09g0334800- identity=32.2; qcov=1.1; evalue=2.03e-29; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130984917 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057763600.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057763600.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763600.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763600.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057763600.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:705914 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B84,C51 |
Chr5:705933 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,D10,D5 |
Chr5:705949 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,D4 |
Chr5:705966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr5:705970 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:705972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B99,C87 |
Chr5:705977 |
T |
TGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A19,C64 |
Chr5:705977 |
T |
TGG |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | A19,C64 |
Chr5:705981 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B33,B91,C64,C86 |
Chr5:705985 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B36,B48,C34,C43 |
Chr5:705989 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A19,B70,C64 |
Chr5:705989 |
CCA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A19,B70,C64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763600.1PF00139
Lectin_legB 13-239 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763600.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 13 | 239 | 3.3e-39 | 135.6 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。