丹参网站使用教程

示例分析流程

示例 A：同一基因的查询与下载

SmilChr01G000001 / LOC131007145。固定参考 GCF_028751815.1，逐模块保留同一研究对象。

1. 查参考、坐标和异构体 .1，记录 Chr01:47739–50415（+）。

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2. 核对 LOC 与 GeneID；这是同参考编号对照。

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3. 读取注释来源与实际可用字段。

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4. 查看各异构体结构域；保留 aa 区间与统计指标。

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5. 选 PRJNA1025047 查询同一基因，下载样本与汇总表。

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6. 下载 CDS 与蛋白；示例 B 使用 .1 的精确记录。

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同一位点可串联数据来源和查询结果；表达、注释及预测不能组合成未经实验验证的机制结论。

示例分析流程

示例 B：真实 CDS 与蛋白序列检索

从该基因 .1 取得完整 CDS 与蛋白，分别提交真实 BLAST。按钮直接传完整 FASTA，不依赖基因 ID 自动取序列。

1. 确认 .1 的 CDS 1221 nt 与蛋白 406 aa，保存 FASTA。

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2. 分别选择 CDS / Protein 库，使用下列固定参数，提交完整序列。

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3. 检查首位命中源基因，点击基因链接返回同一详情。

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4. 下载检索 TSV，记录比对行数、首位命中、一致性与单片段覆盖度。

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自比对是查询流程演示，不是独立功能验证；下方记录采用固定参数的实际结果。

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首页与基因搜索

从统一基因编号进入位点查询，或用功能关键词寻找候选基因。

适用输入：基因详情接受本站统一 ID、NCBI GeneID、LOC 或蛋白别名；功能搜索使用关键词。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 在首页选择“Gene Card”，粘贴示例 ID。
2. 提交查询，核对解析后的统一 ID；关键词查询请使用“功能搜索”入口。
3. 打开结果的基因详情，并记录参考、坐标和原始查询。

结果解读

• 统一 ID 是染色体内按坐标排序的编号，不是功能名称。
• 描述来自参考注释；关键词命中不证明该基因具有目标性状。

下载与保存

数据来源与版本：GCF_028751815.1；公开核染色体 Chr01–Chr08，本站 SmilChr 命名。

解释范围：别名命中需要核对解析对象；文献基因名称不能在缺少映射证据时自动当作统一 ID。

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基因详情与序列

在同一位点查看坐标、别名、注释及各异构体序列。

适用输入：使用基因 ID 查位点；带 .1/.2/.3 的蛋白 ID 区分异构体。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 输入示例并查询；确认统一 ID 和 LOC 对照。
2. 读取基本信息，再向下查看序列区的 CDS 和 Protein。
3. 本案例选择 .1：分别下载 CDS 和蛋白，并保留 FASTA 标题。

结果解读

• 示例位于 Chr01 / NC_080387.1:47739–50415，正链；基因组坐标为 1-based、两端包含。
• CDS 为编码核酸序列，nt 表示核苷酸；蛋白长度以 aa 表示。.1 为 1221 nt / 406 aa；CDS 包含末端终止密码子。
• 一个基因可有多个异构体；下载全部序列与下载选中异构体的范围不同。

下载与保存

数据来源与版本：NCBI RefSeq GCF_028751815.1 / IMPLAD_Smil_shh；本站蛋白编号规范版 2026-10-10。

解释范围：不同异构体的序列和结构域可能不同；CDS、cDNA 和基因组序列不能互换。

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基因 ID 对照

将统一编号与 RefSeq 的 LOC、GeneID 和源序列坐标关联。

适用输入：查询单个基因、LOC、GeneID 或蛋白别名；不输入可分页浏览。

LOC131007145

操作步骤

1. 输入 LOC131007145 并查询。
2. 在同一行核对 SmilChr01G000001、GeneID 131007145、染色体及坐标。
3. 点击统一 ID 进入详情；下载完整对照表后筛选自己的编号。

结果解读

• 统一 ID 与 NCBI Gene ID/GeneID 是同一参考位点的编号关系。
• NCBI Name/locus_tag 和原 SeqID 保留源注释上下文。
• 完整对照表下载不限于页面当前行，不是当前查询导出。

下载与保存

数据来源与版本：GCF_028751815.1 的源注释及本站核染色体规范 ID 对照。

解释范围：本站这里是同参考编号对照，不是两套基因组的直系同源或跨参考映射。

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同源候选与共线性背景

对比拟南芥和水稻的序列匹配与邻域背景，用于整理功能候选。本站无独立批量 ID 转换页，以此可验证功能替代该教程入口。

适用输入：本站基因 ID、LOC 或相应蛋白别名；示例用同一基因。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 输入示例 ID 并提交同源/共线性查询。
2. 先看丹参参考与拟南芥、水稻的邻域，再读候选表。
3. 核对物种、命中编号、覆盖度和 E-value，下载完整当前查询。

结果解读

• Identity 为序列一致性；同源关系不能用百分比表示。
• 该模块 qcov 使用最佳单 HSP 坐标跨度/查询长度；与多个片段合并覆盖不同。
• 置信等级是算法候选筛选等级，不是功能概率或实验验证。

下载与保存

数据来源与版本：丹参 GCF_028751815.1；拟南芥 TAIR10、水稻 IRGSP-1.0；具体匹配方法与数据库信息以结果页为准。

解释范围：当前页未检测到 MCScan 锚定表，邻域展示不能称为严格共线性证据。相似序列及邻域支持不单独证明直系同源或丹参中的相同功能。

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公共表达量与样本信息

在已核实的公共矩阵中查询同一基因，查看按研究分别展示的表达图、分组统计和样本信息。

适用输入：最多 30 个可解析基因与已开放数据集；示例选 PRJNA1025047。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 选择 PRJNA1025047，检查项目来源、组织与处理说明。
2. 输入示例 ID 并查询；等待图和汇总表完成加载。
3. 逐组读平均 TPM、SD、SE 和 n；横向滚动表格查看全部字段。
4. 下载样本表和汇总表；记录所选矩阵，避免合并不同研究进行直接比较。

结果解读

• TPM 为每百万转录本的归一化表达指标；原始 counts 另列，不可互换。
• SD 为原分组表达记录的标准差，SE 为均值标准误（本例 SE=SD/√n）；n 是原分组纳入的测序记录数，未确认独立生物学重复。
• 图与统计使用同一分组；显示变换不修改下载的原表达值。缺失记录不填为零。

下载与保存

数据来源与版本：SRA/BioProject PRJNA1025047：根部干旱梯度；矩阵参考 GCF_028751815.1，单位 TPM。其他矩阵各自保留来源与待核元数据。

解释范围：项目描述覆盖整体设计，不表示每个样本接受全部处理。不同研究 TPM 不构成统一差异表达检验；本站没有组织分布示意图。

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亚细胞定位预测

查询已计算的定位候选。本站无组织示意图，以此真实预测模块替代组织表达示意教程入口。

适用输入：本站基因或蛋白异构体 ID；用 .1 可限定对应蛋白。

SmilChr01G000001.1

操作步骤

1. 输入蛋白 SmilChr01G000001.1 并查询。
2. 读取主定位候选表，检查排序、蛋白编号与校准概率。
3. 如展开细分定位，分别保留原始分数说明；下载当前查询。

结果解读

• main10 使用真实全长 PROFEAT 与 ESM2 特征，对五模型原始输出均值做跨物种参考概率校准。
• 多标签概率不要求加和为 1；细分 fine91 分数未校准，不能作为定位概率。
• 基因查询对各定位取异构体最高蛋白值；该基因聚合值没有单独校准。

下载与保存

数据来源与版本：LocPro_calibrated_v01_20261014；丹参 GCF_028751815.1 核染色体蛋白；校准记录在查询页可下载。

解释范围：本物种实验验证尚无；预测不能替代荧光定位实验。短于 40 aa 或含非标准残基的序列在本版范围外。

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功能注释

读取同一基因的参考描述及 GO、KEGG、Pfam 等数据库字段。

适用输入：可解析的基因 ID 或蛋白别名。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 输入示例 ID 并查询注释。
2. 核对 ID 对照和来源；分别查看参考描述及功能字段。
3. 在 GO/KEGG 模块运行该基因，下载该查询的注释表。

结果解读

• Source 标记注释来源；空字段表示本记录未提供该类注释，不证明功能不存在。
• GO 为本体条目；KEGG KO 为直系同源功能组编号，pathway 为通路编号，二者不同。
• NR、InterPro、eggNOG 等栏目仅在当前记录确有数据时解读。

下载与保存

数据来源与版本：参考注释及本站 FUNCTION 数据发布；各字段保留实际来源，未标明数据库版本的字段仍待核。

解释范围：注释、同源转移和实验功能证据分开。通路注释不表示通路被激活。

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GO/KEGG 注释与统计富集

先查看逐基因注释，再对基因集做背景相关的过度代表分析。

适用输入：最多 100 个基因；每行一个 ID，或上传 UTF-8 文本；本例为页面真实 10 基因集合。

SmilChr01G000001
SmilChr08G002888
SmilChr04G004173
SmilChr04G004175
SmilChr06G000792
SmilChr02G000001
SmilChr02G002099
SmilChr05G003909
SmilChr05G002065
SmilChr05G002072

操作步骤

1. 复制 10 个 ID，选择 GO + KEGG，提交查询。
2. 先检查已解析、未解析和有注释的基因数，再看逐基因注释表。
3. 分别读 GO/KEGG 的背景、P 值和 FDR；查看气泡图及柱状图。
4. 从结果页下载注释表、完整富集表或图形，保留本次输入。

结果解读

• 单侧超几何检验；GO 背景为本站公开核基因中有 GO 注释的基因，KEGG 类似。查询分母也按各自有注释的基因计。
• GO 与 KEGG 分别对背景中全部非空条目做 BH 校正，包含零命中条目 P=1；FDR 为校正后的 qvalue。
• 气泡大小随命中基因数增大，颜色深浅随 −log10(FDR) 增大；横轴 Gene ratio=命中数/有该来源注释的查询数；柱状图横轴 −log10(FDR)。
• 每图前 18 个命中条目，每类表格前 50 个；命中条目可能不显著，完整表需下载。

下载与保存

数据来源与版本：NCBI GCF_028751815.1 GO GAF（RS_2023_06）与 KEGG smil；背景核染色体发布 2026-09-24；GO ontology 具体下载版本待核。

解释范围：网站采用固定注释背景，不能上传自定义实验检测背景。单基因案例用于注释示范；富集不证明因果或通路激活。

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蛋白结构域与 Pfam

查看异构体结构域位置，或按 Pfam 家族检索本站成员。

适用输入：结构域查询用基因/蛋白 ID；Pfam 检索用 PF00069 或家族关键词。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 输入基因 ID，检查各蛋白长度与结构域轨道。
2. 在表中核对异构体、Domain ID、起止 aa、E-value 与得分。
3. 打开 Pfam 检索 PF00069，下载当前关键词的全部匹配结果。

结果解读

• 本表起止 aa 来自 HMMER domtblout 的 ali_from/ali_to，是蛋白比对区间；不能称为包络区间。
• E-value 与 score 是命中统计指标；不能当作功能概率。结构域图按各异构体长度定位。
• Pfam 页显示最多前 300 行；当前关键词 TSV 导出全部匹配，可能包含多异构体和多结构域。

下载与保存

数据来源与版本：本站导入的 Pfam/HMMER 结果与 2026-10-10 蛋白 ID 对照；导入所用 Pfam 版本未见完整来源记录，保留待核。

解释范围：不能把所有记录统称显著结构域。功能需结合序列、阈值及独立证据；轨道区间不等于整个蛋白覆盖率。

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核酸与蛋白 BLAST

提交真实 CDS 或蛋白序列并检查可追溯的序列匹配结果。

适用输入：完整单条或多条 FASTA；CDS 选 CDS 核酸库，蛋白选 Protein 库。完整材料见示例 B。

SmilChr01G000001.1

操作步骤

1. 到示例 B 复制完整 FASTA，核酸和蛋白分开提交。
2. 启用自定义参数，选 Standard BLAST、E-value 1e-5、最多目标 10、最低一致性和覆盖度 0%、过滤关闭；word size CDS 11 / 蛋白 3。
3. 检查首位源基因匹配、序列一致性、查询覆盖度与比对坐标，点击基因 ID。
4. 下载当前检索 TSV；记录返回比对行数，不能称为全库命中总数。

结果解读

• 序列一致性为比对位点相同字符的比例；不是相似性或同源百分比。
• 当前实现的覆盖度=100×(qend−qstart+1)/查询长度；本例 qstart≤qend。逐 HSP 计算，不合并多个片段。
• E-value 是随机情况下预期出现的同等或更高得分比对数量，不是同源概率。
• 最大目标数限 subject；一个目标可有多个比对片段，因此比对行数可能超过 10。

下载与保存

数据来源与版本：活动 NCBI BLAST+ 核酸/蛋白库来自 GCF_028751815.1；标准蛋白 ID 版 2026-10-10。实际 task 与参数见结果页。

解释范围：自比对演示输入、查询、跳转与下载流程，不是独立功能验证。序列检索不能单独确认生物功能。

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JBrowse 基因组浏览器

在真实参考区间查看基因模型与序列上下文。

适用输入：RedSage assembly，定位控件显示 Chr01:45,740..52,416，RedSage_GFF3_gene_models 轨道。

Chr01:45,740..52,416

操作步骤

1. 从示例基因详情点击 JBrowse，或打开本例区间。
2. 检查 assembly=RedSage，等待参考序列及基因模型轨道加载。
3. 缩放并点击示例基因特征读取详情；通过下载页取得完整参考与 GFF。

结果解读

• Chr01 是网站标准染色体，源参考 SeqID 为 NC_080387.1；示例基因跨度 47739–50415。
• 详情中的基因坐标为 1-based inclusive；浏览器区间显示仅用于定位，不能直接当作 BED 的 0-based 区间。
• 本例控件显示范围用于浏览定位；原入口区间为 Chr01:45739..52415。基因的源坐标仍为 47739–50415，导出区间文件须核对目标格式，不能直接复制浏览范围。

下载与保存

数据来源与版本：GCF_028751815.1；本站标准染色体序列与重标记 GFF3，保留参考下载出处。

解释范围：浏览轨道不是表达、结构变异或调控的实验证据。只能描述实际加载的轨道。 JBrowse 使用上游英文控件，两种语言教程对应同一区间和轨道。

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数据与序列下载

取得参考文件、对照表，或保存当前查询导出并记录来源。

适用输入：下载页无需基因输入；单基因、表达、Pfam 等导出须保留自己的查询。

SmilChr01G000001

操作步骤

1. 打开下载页，读取文件用途、参考与大小。
2. 本例先下载 ID 对照表及该基因的 CDS/蛋白；大参考文件按需要下载。
3. 保存输入、数据集、单位和版本；检查 FASTA 记录数、标题与长度。

结果解读

• 下载页参考文件是整文件；模块当前查询导出范围较小，二者不可混淆。
• FASTA 首行以 > 开头，后续为序列；一个标题对应一个记录，不能直接拼接不同异构体。
• TSV 用制表符分列；表达导出保留 TPM/counts 与样本元数据，不将空值替换为零。

下载与保存

数据来源与版本：每个下载条目保留本站参考与资源说明；大文件来源以下载页和资源页为准。

解释范围：公开核染色体范围 Chr01–Chr08；旧版本或原始 RefSeq 文件应按各自说明区分。

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术语说明

• CDS / nt / aa：编码核酸序列 / 核苷酸 / 氨基酸。
• Sequence identity：序列一致性；similarity：相似性；homology：同源关系。三者不互换。
• Query coverage：查询序列覆盖度；本站 BLAST 与同源表为单片段跨度比例。
• E-value：随机情况下预期出现的同等或更高得分比对数量。
• TPM、FPKM、RPKM 均为归一化表达量；本站示例使用 TPM，不是原始 counts。不同单位、研究不直接比较。
• SD 为标准差，SE 为均值标准误；n 的单位是原分组测序记录，不自动等于独立生物学重复。
• GO BP/MF/CC：生物过程 / 分子功能 / 细胞组分；KEGG KO 为直系同源功能组，通路编号另列。
• P 值为零假设下相应或更极端统计结果的概率；FDR 字段为 BH 校正值，不能解释为单个结论为假的概率。
• Alignment / envelope：比对区间 / 包络区间；本域表使用比对区间，不提供包络区间。
• 定位主类概率为跨物种参考校准；细分原始分数和基因聚合不是同一概率口径，均不等于本物种实验验证。

NCBI BLAST FAQ · HMMER user guide · GO ontology overview · GO enrichment guidance

常见问题

数据来源 · 资源与复现材料