Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000136`

染色体: Chr05 坐标: 1095388-1098361 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000136`
名称	SmilChr05G000136
描述	uncharacterized SmilChr05G000136
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	1095388 - 1098361 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130984925`
GeneID	`130984925`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130984925`
原始查询	`LOC130984925`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G14110` (AT2G14110) Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897] identity=67.7; qcov=1; evalue=1.42e-96; confidence=high
Rice	`Os03g0737400` (OSJNBb0016H12.23) - identity=71.3; qcov=0.884; evalue=8.16e-92; confidence=high
GO	GO:0003993 (acid phosphatase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00702 (Hydrolase); PF12689 (Acid_PPase); PF13419 (HAD_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130984925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763621.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057763621.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057763621.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763621.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763621.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:1095716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B75
`Chr5:1095724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr5:1096382`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr5:1096468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr5:1097150`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr5:1097231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C24
`Chr5:1097271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B24,C86
`Chr5:1098227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C24
`Chr5:1098249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763621.1

189 aa

189

Acid_PPase

HAD_2

Hydrolase

Acid_PPase

PF12689 Acid_PPase 20-41 aa PF13419 HAD_2 43-144 aa PF00702 Hydrolase 44-138 aa PF12689 Acid_PPase 47-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763621.1`	Pfam	`PF12689`	Acid_PPase	Family	20	41	8.6e-39	133.8	Acid Phosphatase
`XP_057763621.1`	Pfam	`PF13419`	HAD_2	Family	43	144	7.7e-10	39.8	Haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057763621.1`	Pfam	`PF00702`	Hydrolase	Domain	44	138	1.6e-10	42.4	haloacid dehalogenase-like hydrolase
`XP_057763621.1`	Pfam	`PF12689`	Acid_PPase	Family	47	162	8.6e-39	133.8	Acid Phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907638.1
TAGATGTTATGTTATGTTAATAAAGAAAATCTAGAGAGAGAGACACAAGTAGAGAGAGAGAGAGGATGGGAGATGAGAGGGTGAAGAACGAAGCAATGGAGATTATGGGTCTGTTTCAGTTGCTGCCTCGCCTCGTCGTCTTCGATCTCGATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGCGAATGTCGGTCGAAACGGGATATGCCGAGAGTGTATCCTCATGCGAAGGGCATTCTCTACGCCCTCAAGGATAAAGGTGTTAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130984925
ATGGGAGATGAGAGGGTGAAGAACGAAGCAATGGAGATTATGGGTCTGTTTCAGTTGCTGCCTCGCCTCGTCGTCTTCGATCTCGATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGCGAATGTCGGTCGAAACGGGATATGCCGAGAGTGTATCCTCATGCGAAGGGCATTCTCTACGCCCTCAAGGATAAAGGTGTTAAGATTGCAATTGCCTCAAGATCACCAACTCCTGATATAGCTAACACTTTTCTTGATAAATTGGGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763621.1
MGDERVKNEAMEIMGLFQLLPRLVVFDLDYTLWPFYCECRSKRDMPRVYPHAKGILYALKDKGVKIAIASRSPTPDIANTFLDKLGIKSLFVAQEIFSSRTHKIDHFQRIKRRTNIPYTEMLFFDDEDRNIEAVSNIGVTSILVGNGVNLGALRQGLSKFSQNQSCSERIKHGSRNLSKNSSSSETEEQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器