当前解析结果
SmilChr05G000229| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000229 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000229 |
| 描述 | uncharacterized protein At2g34160-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 1783269 - 1785491 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130984954 |
|---|---|
| GeneID | 130984954 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130984954 |
| 原始查询 | LOC130984954 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G34160 (AT2G34160)Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977] identity=64.8; qcov=0.845; evalue=2.04e-53; confidence=high |
| Rice | Os06g0602600- identity=70.1; qcov=0.723; evalue=4.65e-50; confidence=medium |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01918 (Alba) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130984954 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057763637.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057763637.1 |
| 3 | Nucleolus | 核仁 | 0.20000 | XP_057763637.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057763637.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057763637.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:1783532 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B136,B18,B2,B8,C61 |
Chr5:1783532 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | B136,B18,B2,B8,C61 |
Chr5:1784238 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,C20,D3 |
Chr5:1784261 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057763637.1PF01918
Alba 37-88 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057763637.1 |
Pfam | PF01918 |
Alba | Domain | 37 | 88 | 2.7e-13 | 50.2 | Alba |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。