Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000231

染色体: Chr05 坐标: 1799294-1801668 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000231
名称SmilChr05G000231
描述protein WVD2-like 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1799294 - 1801668 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984955
GeneID130984955
locus_tag-
NCBI NameLOC130984955
原始查询LOC130984955

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein WVD2-like 2
产物protein WVD2-like 2
ArabidopsisAT1G54460 (AT1G54460)
TPX2 (targeting protein for Xklp2) protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841888]
identity=58.1; qcov=0.709; evalue=3.01e-41; confidence=medium
RiceOs03g0799100 (BIP116)
-
identity=64.5; qcov=0.611; evalue=2.14e-40; confidence=medium
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF06886 (TPX2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984955

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057763638.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057763638.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763638.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763638.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763638.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1800542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C17
Chr5:1800544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:1800571 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C56
Chr5:1800571 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 1 C56
Chr5:1800858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B77,C29
Chr5:1800882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C52
Chr5:1801054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C85
Chr5:1801223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr5:1801295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr5:1801306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:1801419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763638.1
180 aa
N
1
90
180
TPX2
C
PF06886 TPX2 36-105 aa
XP_057763639.1
175 aa
N
1
88
175
TPX2
C
PF06886 TPX2 36-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763638.1 Pfam PF06886 TPX2 Domain 36 105 1.5e-23 83.2 Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain
XP_057763639.1 Pfam PF06886 TPX2 Domain 36 108 1e-23 83.8 Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907655.1
ACGGACCTTCAAGAAAACAAAACATCAACAAAAGCCAAACCAAAAAATAAAATAAAAATAAAAATAAAAATTCATTGAAATCAGTTAAACGCAGCTGCTGCCGTTAGAATCGAGCTCACGTTGGTTTTGCTGAAGGTGGTGCTGGTTTTTCTTGGAGATCTTTCCGTCCAGAATTTTTGCTTACGGCTTGAAAAGAACCCCGGTGTGGATGTGAAGTCTCGACAATCTTCACCTCCGAGGCAGATGAAGATGAGCTAGGC...
XM_057907656.1
ACGGACCTTCAAGAAAACAAAACATCAACAAAAGCCAAACCAAAAAATAAAATAAAAATAAAAATAAAAATTCATTGAAATCAGTTAAACGCAGCTGCTGCCGTTAGAATCGAGCTCACGTTGGTTTTGCTGAAGGTGGTGCTGGTTTTTCTTGGAGATCTTTCCGTCCAGAATTTTTGCTTACGGCTTGAAAAGAACCCCGGTGTGGATGTGAAGTCTCGACAATCTTCACCTCCGAGGCAGATGAAGATGAGCTAGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130984955
ATGTCAACAAAGTCGCAGGATGATGAAGTGTGTGAAGAAGAAGACACTTCCTCTGCAGCATCAGCTCGGACGAATAAATTCAAGGTCACGGTTCCCGTTGCTCCAAAATTCATTTGTGAGGAACGGTTAGAGAAACGGAGGGAGTATTACGCGAAGCTGGATGAGAAGCACAAGGCGTTGGAGAAAGAGAAGCAAGAAGCCGAGGCTAGACAGAAGGAAGAAGAAGCAGCAGCCATAAAGGAGCTGAGGAAGAGCATGGT...
LOC130984955
ATGTCAACAAAGTCGCAGGATGATGAAGTGTGTGAAGAAGAAGACACTTCCTCTGCAGCATCAGCTCGGACGAATAAATTCAAGGTCACGGTTCCCGTTGCTCCAAAATTCATTTGTGAGGAACGGTTAGAGAAACGGAGGGAGTATTACGCGAAGCTGGATGAGAAGCACAAGGCGTTGGAGAAAGAGAAGCAAGAAGCCGAGGCTAGACAGAAGGAAGAAGAAGCAGCAGCCATAAAGGAGCTGAGGAAGAGCATGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057763638.1
MSTKSQDDEVCEEEDTSSAASARTNKFKVTVPVAPKFICEERLEKRREYYAKLDEKHKALEKEKQEAEARQKEEEAAAIKELRKSMVYRANPVPSFYHEGPPPKVELKKLPLTRPKSPKITRRRSCGDAGKACCGEVRANERAARARGKERIPGGRRSHDNSKAIKDDPQVQEHADYEDE
XP_057763639.1
MSTKSQDDEVCEEEDTSSAASARTNKFKVTVPVAPKFICEERLEKRREYYAKLDEKHKALEKEKQEAEARQKEEEAAAIKELRKSMVYRANPVPSFYHEGPPPKLPLTRPKSPKITRRRSCGDAGKACCGEVRANERAARARGKERIPGGRRSHDNSKAIKDDPQVQEHADYEDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器