Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000268`

染色体: Chr05 坐标: 2036513-2054109 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000268`
名称	SmilChr05G000268
描述	multisubstrate pseudouridine synthase 7
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2036513 - 2054109 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130984991`
GeneID	`130984991`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130984991`
原始查询	`LOC130984991`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	multisubstrate pseudouridine synthase 7
产物	multisubstrate pseudouridine synthase 7
Arabidopsis	`AT3G04820` (AT3G04820) Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819642] identity=64.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0509300` - identity=58.7; qcov=0.538; evalue=1.03e-141; confidence=medium
GO	GO:0001522 (pseudouridine synthesis); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01142 (TruD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130984991

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057763692.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057763692.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057763692.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057763692.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057763692.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2037316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr5:2037318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:2037330`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A14,A5,B122,B2,B42,B43,B68,B74,B85,B87,C35,C49,C57,C64,C66,C67,D7
`Chr5:2037331`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B113
`Chr5:2037354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B108,C23
`Chr5:2037428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B66,C46
`Chr5:2037623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr5:2038897`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B71,B89,C70
`Chr5:2039111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:2039113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr5:2049768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B1
`Chr5:2050948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763692.1

671 aa

336

671

TruD

PF01142 TruD 187-567 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763692.1`	Pfam	`PF01142`	TruD	Family	187	567	2.1e-85	287.8	tRNA pseudouridine synthase D (TruD)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907709.1
GAAGGCAAATTGTAACCTCACTCAAAAATATTAAACCCTTTCCCAAAATCTCCCCTTTCCTAAAACCCTTCTCCCGCCGGCCGGAGATAAGCATGAATTCCGTCGAAGAATCCCAAGTTGGTATCCTCTGCTACATTTCTCAACTCCCCGGCTTCCGTGGAATTCTCAAGCAGAGATATTCAGATTTTATTGTAAATGAAGTGGGTTTGGATGGAAATGTTGTTCATTTAACTACGCTGGACTCTCCATTGGAGATTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130984991
ATGAATTCCGTCGAAGAATCCCAAGTTGGTATCCTCTGCTACATTTCTCAACTCCCCGGCTTCCGTGGAATTCTCAAGCAGAGATATTCAGATTTTATTGTAAATGAAGTGGGTTTGGATGGAAATGTTGTTCATTTAACTACGCTGGACTCTCCATTGGAGATTGCCGTGGAAAAGAAAGGAAAATTAGCTGATTTACAGGATAGTGATTATACCCATGAGATAGAATCGTTCCGAGCTCTTGCTGGTGATTCTGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763692.1
MNSVEESQVGILCYISQLPGFRGILKQRYSDFIVNEVGLDGNVVHLTTLDSPLEIAVEKKGKLADLQDSDYTHEIESFRALAGDSDVEKLKKLIDQVVSGVINNDESIVLSPSSDKSHRTAVHNFFKERMKFLVTDTVDGPDSSSKCIRVRLNSGSNNGRGRNSRKRKDRNDKPYDSRGSDGSWPENLGKFLRFHLYKENKDTQEALGLLAKMLGTKPRSFGFAGTKDKRSVSTQRVTVFKQRASRLAALNEKLIGIKVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器