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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002596

染色体: Chr01 坐标: 44142628-44144828 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002596
名称SmilChr01G002596
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向44142628 - 44144828 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130984998
GeneID130984998
locus_tag-
NCBI NameLOC130984998
原始查询LOC130984998

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G06430 (PPR2)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819817]
identity=71.2; qcov=0.795; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0309800
-
identity=64.8; qcov=0.833; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130984998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057763705.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057763705.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763705.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057763705.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057763705.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:44142789 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 3 A8,B84,C22
Chr1:44142789 TAC T 2bp_deletion CDS_variant 3 A8,B84,C22
Chr1:44142848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:44143285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:44143573 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B132,B139,B36,B52,B76,B88
Chr1:44143587 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B132,B139,B36,B52,B7,B76,B88
Chr1:44143592 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 7 B132,B139,B36,B52,B7,B76,B88
Chr1:44143631 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B139,B47,B76,B88,C21
Chr1:44143631 GA G 1bp_deletion CDS_variant 5 B139,B47,B76,B88,C21
Chr1:44143640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B76,B88,C21
Chr1:44144093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B70,C28
Chr1:44144158 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 25 A1,A10,A25,B108,B118,B133,B134,B21,B25,B33,B46,B62,B71,B72,B77,C2,C21,C25,C52,C54,C69,C73,C75,C76,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763705.1
550 aa
N
1
275
550
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
C
PF13041 PPR_2 178-226 aa PF01535 PPR 181-210 aa PF13812 PPR_3 181-224 aa PF17177 PPR_long 198-316 aa PF13812 PPR_3 201-262 aa PF12854 PPR_1 209-241 aa PF01535 PPR 217-241 aa PF13041 PPR_2 217-261 aa PF13812 PPR_3 246-297 aa PF01535 PPR 251-279 aa PF13812 PPR_3 272-333 aa PF01535 PPR 289-314 aa PF13041 PPR_2 319-367 aa PF13812 PPR_3 319-368 aa PF01535 PPR 323-352 aa PF01535 PPR 358-385 aa PF13812 PPR_3 378-436 aa PF13041 PPR_2 391-438 aa PF01535 PPR 392-422 aa PF01535 PPR 428-446 aa PF13812 PPR_3 459-506 aa PF13041 PPR_2 460-506 aa PF01535 PPR 464-490 aa PF01535 PPR 498-524 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763705.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 178 226 9.9e-59 196.0 PPR repeat family
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 210 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 181 224 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 198 316 1.2e-20 74.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 201 262 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 209 241 2.3e-33 114.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 241 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 217 261 9.9e-59 196.0 PPR repeat family
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 246 297 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 279 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 272 333 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 289 314 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 319 367 9.9e-59 196.0 PPR repeat family
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 319 368 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 352 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 358 385 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 378 436 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 391 438 9.9e-59 196.0 PPR repeat family
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 392 422 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 428 446 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 459 506 2.3e-40 137.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057763705.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 460 506 9.9e-59 196.0 PPR repeat family
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 464 490 1.2e-45 151.3 PPR repeat
XP_057763705.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 498 524 1.2e-45 151.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907722.1
TTTGAGGCAACATAAATGAAGGTAAATTACGACGCCCTCTCTGCTGCTGCTGAGACTTATCCGATTTCTGATTTCATCTCCAAATATCTTCTCAGCTATGCTCCTCCCAATTCAATCCATCTCTCTTTCGATGAGTCTCAAATCTTGACTCTACTGTTGAATACACACAAAAAACAATTAGAAGAAGAAGTTATGACGGCGGCGTTTCAACTTTCGCTCTCCTCATTCCTCCCGTCCCCTCTTCCCACCACCGCAGCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130984998
ATGAAGGTAAATTACGACGCCCTCTCTGCTGCTGCTGAGACTTATCCGATTTCTGATTTCATCTCCAAATATCTTCTCAGCTATGCTCCTCCCAATTCAATCCATCTCTCTTTCGATGAGTCTCAAATCTTGACTCTACTGTTGAATACACACAAAAAACAATTAGAAGAAGAAGTTATGACGGCGGCGTTTCAACTTTCGCTCTCCTCATTCCTCCCGTCCCCTCTTCCCACCACCGCAGCTCCGCCACTCCGCAGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057763705.1
MKVNYDALSAAAETYPISDFISKYLLSYAPPNSIHLSFDESQILTLLLNTHKKQLEEEVMTAAFQLSLSSFLPSPLPTTAAPPLRRFTVLCSVASSTSDLPKKKHWKAGEYPAEIQTQLSKRRAPIKNIKKKLDRKSNAAAWANTVTESLSDAIDKKQWLRALQVFEMLKEQSFYQPKEGTYMKLIVLLGRCGQPGQACQLFDEMLQEGLEPTPQLYTALLGACCRSNLIDKAFSFLEQMKALPHCQPDVYTYSILIKAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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